1661年康熙皇帝初即位，之前的郑氏降将黄梧陈灭贼五策，包括长达20年的迁界令，自山东至广东沿海廿里，断绝郑成功的经济支援；毁沿海船只，寸板不许下水；同时杀成功之父郑芝龙于宁古塔流徙处，（一说斩于北京柴市口，即今府学胡同西口，元代刑场）；挖郑氏祖坟；移驻投诚官兵，分垦荒地。由于清政府的新策略，郑成功和他的军队断绝了经济来源，面临着严重的财政危机，不得不放弃以近岸离岛为基地，骚扰东南沿海的军事策略，转而进攻已久为大航海时代以来远渡重洋来到亚洲的葡萄牙人、西班牙人、英国人、荷兰人所分别殖民割据的台湾，作为新的基地，这一年三月二十三，郑成功亲率将士2.5万、战船数百艘，自金门料罗湾出发，经澎湖，出敌不意地在鹿耳门及禾寮港登陆。先以优势兵力夺取荷军防守薄弱的赤嵌城（今台南市内），继又对防御坚固的首府台湾城（今台南市安平区）长期围困。经过九个月的苦战，在早年由其父协助渡海的汉人移民的支持下于1662年打败荷兰人，迫使殖民总督揆一于同年十二月十三日（1662年2月1日）在投降书上签字。荷兰军队交出了所有武器和物资，残存的包括伤病员在内的约900余名荷兰军民，乘船撤离了台湾岛。此次战役，结束了荷兰侵略者在台湾38年的殖民统治，宝岛台湾又回到了祖国的怀抱，也使郑成功成为中国人民心目中的民族英雄。收复台湾后，郑成功祭告山川，颁屯垦令，开东宁王国，立郑家天下，拥有现在台湾南部以及一部份东部的土地，设“承天府”，改台南为“东都”，以示候明永历帝东来之意，争取明朝遗臣效忠。另辟海外乾坤、抗清朝于海外。同年4月间传来桂王朱由榔死于缅甸的消息。虽然仍有其他明朝宗室在台，但成功已决定不再拥立新帝，自为台湾之主。郑成功在台湾成立第一个汉人政权，然而，因为当时热带地方卫生条件不好，郑成功感染时疫，终于病倒，同年6月（农历五月）病逝，享年38岁。原葬台南洲仔尾，1699年迁葬南安祖墓。传说被郑经害死。康熙皇帝题撰挽联：“四镇多贰心，两岛屯师，敢向东南争半壁；诸王无寸土，一隅抗志，方知海外有孤忠。”
1662年打败侵占台湾38年之久的荷兰殖民主义者，收复了我国神圣领土，写下这首《复台》诗：“开辟荆榛逐荷夷，十年始克复先基；田横尚有三千客，茹苦间关不忍离。”
郑成功的儿子郑经继续经营台湾，改东都为东宁。依陈永华之议，移植明朝中央官制，对内虽仍奉已死的明永历帝之正朔，与中国内陆清王朝之顺治、康熙各朝互不统属，对外则自称“东宁王国”，始有开国长治之想，经营成效斐然。后因降将施琅师法郑成功当年进攻荷兰人故技，攻克澎湖岛，因此孙子郑克塽于1683年降清，为免台湾民众起反抗之心，郑氏在台诸坟悉数遭清王朝掘起迁葬中国内陆。1684年4月，台湾（时为台湾府）正式纳入大清帝国版图，隶属福建省，下设台湾县，凤山县与诸罗县，总计郑氏政权在台湾只有短短二十几年的时间而已，但是因为其特殊背景，因此不只是台湾的历史学家重视，还广受中国以及日本的史界注目，提出各种不同的有趣观点。
