《康熙字典》是按部首编排的，不像现在的字典按拼音排序。所以查《康熙字典》要按部首来查。它分为214个部首，由于这书篇幅太大，最初分为十二册，用十二地支给它排序，即“子丑寅卯……”，笔画少的在前。现代的影印本一般把它合印为一厚册，所以这些“子丑寅卯”对我们作用就不大了，直接按笔画找到需要查的部首就行了。
古人所说的部首和现在不大一样。古人把一个字归入某个部首时考虑的是该字与哪个部件的意义相关就归入哪部，而不像现在是先取左边后取右边，先上边后下边。比如“颖”字，它归入禾部，因为颖是麦芒，与禾苗有关。而“颍”归于水部，因为它是河流名。另外，《康熙字典》在标明部首时不是按简化后的部首来写，而是按它原来的形体写，比如“氵”要查“水”部，“忄”要查“心部”，左阝要查“阜部”，右阝查“邑部”。所以查《康熙字典》需要懂一些文字学知识。
现在有些新版的《康熙字典》附有四角号码查字法，非常方便。
《康熙字典》里面的注音有直音和反切。所谓直音就是用同音字来注音，如“筹，音俦”。这个很容易掌握，但要注意有些古代同音的字现在不同音了。反切是用两个字来给另一个字注音，取第一个字的声母和第二个字的韵母及声调，合成新的音，如“毛，莫袍切。”即用“莫”的声母m+“袍”的韵母ao组成新的音mao，就是“毛”的读音。由于语音演变，很多反切不能拼切出现代的读音，很难完全掌握。
