首先2d和flash是完全不同的两个概念，至于你刚说的那些软件，ani是用来扫描上色的，toonz没用过，但是印象里是制作动画分镜头用的，retas是一系列软件，最新版本为retas studios，是日本动画公司用来制作传统二维动画的，分4个部分，coreretas,paintman,stylos和traceman,分别的作用是合成输出，上色，作画修正还有扫描，事实上真正常用的二维制作软件你一件也没提到，那就是ps,painter,用于绘制背景，combustion,AE用于合成，PR用于剪辑输出。
flash就是flash，不属于二维范畴。
虽然你完全问错了，但是我还是回答你，按二维动画制作流程。
第一，分镜头没有必要用软件制作，如果一定需要，word足够了。
第二，原画，动画是没有软件可以代替的，必须由手工完成，这也就是为什么传统二维动画工期长的原因。
第三，扫描上色的软件很多，animation是比较常见的一种，但是使用起来比较繁琐，而且已经是很多年前的软件了，没有矢量处理功能，去套色线还有上色等能力都属于中下等。日本的retas系列中的traceman是我目前见过的最好的动画扫描软件，功能强大，而且操作简单，但是似乎很难搞到中文版本，更别说盗版的了，至于正版软件的价格,retas HD系列的全套价格是52万日元左右。
第四，合成，国内公司大多使用的都是ae和combustion,功能不可谓不强，但是由于太过全面，不是动画专业的，所以使用起来有一定困难，但可发挥余地很大。reats系列中的coreretas虽然性能没有那么强，但是专业对应动画合成，当然了，价格。。。
至于流氓兔什么的，都是flash做的。那不属于二维动画。
