袁世凯最重要的谋士之一，得到重用。开始在李鸿章手下，后来，当李鸿章去世，而淮军渐渐分崩离析后，投靠了袁世凯。袁世凯小站练兵，之后，渐渐北洋军崛起，一直到清廷覆灭，北洋占据天下。
杨士琦，字杏城，清同治元年 (1862年)生于淮安府山阳县，杨士骧之弟。光绪八年(1882年)中举，报捐道员。
十一年，捐指直隶试用，10余年一直总办关内外铁路事宜。
光绪二十五年，杨为两广总督李鸿章重用，与兄士骧同赴广州效命。后李迁北洋大臣，而兄弟同回北京参预机密，双双青云于北京幕府。
此间，与庆亲王奕劻及袁世凯过往甚厚。
翌年，曾上书袁世凯请求攻击义和团，并担任李鸿章与八国联军议和中的联络员。光绪二十七年，李死后，杨转身投靠袁世凯，任洋务总文案献，成为袁“运动亲贵，掌握政权”的马前卒，持续十数年受宠不衰，被袁视为心腹，且素称“智囊”。
