《阿耳戈英雄们的故事》的主人公是伊阿宋，是埃宋的儿子；埃宋父亲建立了一个王国，王位本来是要传给埃宋的，但是后来埃宋的弟弟珀利阿斯篡夺了王位，囚禁了埃宋。埃宋死后，他的儿子伊阿宋逃到半人半马的肯陶洛斯族人喀戎那儿。喀戎训练伊阿宋做一个英雄。成年后伊阿宋回到父亲的王国，想要拿回属于自己的王位和和权杖。但是，珀利阿斯给他提了一个要求，就是到科尔喀斯的国王埃厄忒斯那儿去，取回他的遗骸和金羊毛。
伊阿宋答应了他的要求，便带着十二个同伴乘“阿耳戈号“船去科尔喀斯。他们首先来到了利姆诺斯岛。遇到因为不敬女神而被惩罚的妇女，并被隔离在城外。但后来她们又把英雄们迎进城，还和她们生儿育女。
离开利姆诺斯岛后，他们到了弗里吉亚岛，受到国王的款待，但是他们的船遇到六臂巨人偷袭，但被打退。阿耳戈号进入大海后的夜里，船被风吹回到了前面所说的那个小岛。由于看不清对方，便发生了误会，打了起来，国王被伊阿宋杀死，王后也自杀。
之后到了密细亚人的居住地。仆人去取水的时候，河边的女仙宁芙看上了仆人的美貌，就把仆人拉到河中抢走了。仆人的呼救声被附近的波立菲墨斯听到，告知赫拉克勒斯。阿耳戈号不等他们找到仆人，就离开了，留下二人在岛上。
然后，他们来到泊布律卡亚王国。被迫与国王阿米克斯进行拳赛。输掉就会被杀。英雄波吕丢斯一拳打死国王。然后航行到普罗彭西斯城，受到国王的欢迎。在这里逗留期间英雄伊德蒙因被野猪所杀。
接着他们来到撒尔米德索斯，这里的国王菲纽斯因为帮助人类得罪宙斯，因此受到惩罚。英雄们决定帮助他。使菲纽斯不再受惩罚。作为报答，菲纽斯给他们占卜了未来，给他们一些避祸的方法。在菲纽斯的语言和雅典娜女神的帮助下，他们顺利度过了一些危险的航路进入黑海。
在黑海他们在女神赫拉的指引下救了四个遭遇海难的人。这四个人帮助他们到达科尔喀斯。并在女神赫拉的帮助下进入宫殿。
在宫殿里爱神使公主美狄亚爱上伊阿宋。但是伊阿宋来取金羊毛的事被国王知道，想借机除掉伊阿宋。于是便让伊阿宋用火牛耕田，播种龙牙，然后打败长出的巨人战士。
美狄亚背叛国王，帮助伊阿宋战胜巨人战士。并在美狄亚的帮助下得到金羊毛。回到阿耳戈号离开科尔喀斯。
美狄亚杀死了追杀他们的兄弟。遭到宙斯的惩罚，导致无法前进。船上的预言家指引他们找到魔术女神洗清罪孽之后才能继续前进。
在一个海岛上他们遇到塞壬，英雄波忒斯经不住诱惑，跳进海中，被被女神阿芙洛狄忒斯所救。
在淮阿卡亚人的海岛时遇到追捕他们的科尔喀斯战士。阿尔喀诺俄斯国王介入调停。在王后的帮助下，伊阿宋和美狄亚得到了王国的保护，安全离开。
阿耳戈号来到克里特岛。受到守卫塔罗斯的阻挠，美狄亚用计打败塔罗斯。然后英雄们就安全回家了。但伊阿宋并没有夺回王位，因为波利阿斯的儿子阿卡斯托斯把他们逐出王国。
后来伊阿宋背叛美狄亚，取了柯林斯国王的女儿。美狄亚对他们进行了报复。杀死了自己的儿女、国王、和新娘。后来的希腊剧作家欧里庇得斯根据这段情节写了著名的悲剧《美狄亚》。是希腊三大悲剧之一。
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