无土栽培的成本比土壤栽培的高不少，它需要规定的土壤营养，湿度，温度，技术要求也比土壤栽培的要求高，毕竟不少大自然的产物，是人工的产物，所以无土栽培的植物一般是高附加值的植物.
无土栽培是一种高技术含量、高投入，同时也是一种高产出、高效益的现代化农业技术。在可靠的技术作为后盾支持下，利用无土栽培技术生产的产品具有高产、优质以及利用温室或大棚等保护设施来控制环境条件进行错季(反季节)生产的优势，将这些高档蔬菜、瓜果打入市场，可以取得较好的经济效益。
提高作物产量、改善作物品质，争取错季栽培是提高无土栽培经济效益的一个重要方面；要取得较好的经济效益的另一方面，还必须根据市场的情况以及当地气候条件来合理进行茬口安排，使得无土栽培设施能够周年均衡地生产。同时还必须要有一定的生产规模才会产生规模效益，并在一定规模的基础上，降低基础建设投资，调动管理人员和生产员工的积极性，降低生产成本，挖掘企业潜力，从多方面在整体上体现出其高的经济效益。
无土栽培生产的成本构成
1、基础建设投资
它包括了建设作为生产用途的设施的建设费用，购置生产上常用的诸如小型酸度计、电导率仪、小型运输工具和其它生产工具等设备的设备购置费、土地租金或征地费用等。这些设施、设备的建设和购置费用以及土地租金等的总和即为无土栽培生产的直接投资费用。按照建设的设施、设备使用寿命来分摊每年的直接投资费用，或者为了加快投资回收而定的、且通常要比设施、设备实际使用寿命的年限更短的经济折旧年限来分摊每年的直接投资费用称为年折旧费。进行无土栽培生产基地或企业时的直接投资费用还包括了资金的贷款利息等。
2、直接生产成本
是指无土栽培生产过程中直接用于生产的开支费用，它包括了：
(1) 肥料费用：指生产过程消耗的肥料的成本。
(2) 种植种苗费用：用于购买种子种苗的费用。
(3) 水电费：进行作物种植过程消耗于灌溉或营养液循环和管理员工的生活用水用电的费用。
(4) 农药费用：用于放置病虫害和进行设施、设备消毒的农药的费用。
(5) 员工工资：进行无土栽培生产管理和操作的员工的工资。
(6) 其它支出：如温室或大棚的日常维护、保养，作物藤蔓的支撑等的开支。
3、销售成本
用于无土栽培产品在市场销售时的各项支出，包括广告宣传费、产品包装费、运输费、产品的运输和销售过程的损耗和其它的销售费用。
4、不可预见费用
在产品的生产、销售过程中出现的、未在上述费用中提及的各种不可预见开支。例如由于灾害性天气而引起的损失或由于其它原因而造成的损失等。
上述的4大类的成本总和即为整个生产基地或企业的生产总成本。在进行无土栽培生产基地的经济核算时，可进行一茬或几茬作物的核算，也可以进行年度核算，还可以进行数年生产周期的经济效益的总核算，这可根据各企业的财务制度而定。一般多进行年度经济核算或一茬或几茬作物的经济核算。
是一次性的投入较高
无土栽培与常规栽培的区别，就是不用土壤，直接用营养液来栽培植物。为了固定植物，增加空气含量，大多数采用砾、沙、泥炭、蛭石、珍珠岩、岩棉、锯木屑等作为固定基质。其优点可以有效地控制花卉在生长发育过程中对温度、水分、光照、养分和空气的最佳要求。由于无土栽培花卉不用土壤，可扩大种植范围，加速花卉生长，提高花卉质量，节省肥水，节省人工操作，节省劳力和费用。缺点是，一次性投资较大，需要增添设备，如果营养源受到污染，容易蔓延，营养液配制需要技术知识
