历史遗留税务问题
在股权收购的情形下，被收购公司的所有历史遗留税务问题都将被新股东承继，实务中，可能存在的历史遗留税务问题通常包括：假发票、纳税申报不合规、偷税、欠缴税款等。如果收购方与原股东在收购合同中未涉及历史遗留税务问题处理的事项，由税务稽查带来的经济损失只能由新股东承担。
税务架构不合理引起的风险
尤其对于跨境并购而言，公司架构税务筹划非常重要，由于不同国家（地区）之间适用不同的税收政策，并购架构会引发迥异的税负差异。
交易方式缺税务规划引起的风险
并购重组交易方式，可归纳为股权收购和资产收购两种，其中，股权交易被收购公司的税务风险将会被新股东承继，资产交易则不会。同时，选择资产交易将面临动产及不动产产权变动而带来的增值税、营业税以及土地增值税等税负。相比较而言，股权交易一般不需要缴纳流转税以及土地增值税。
未按规定申报纳税引起的风险
2011年以来，资本交易一直是国家税务总局稽查的重点，包括对收入项目和扣除项目的检查。
特殊税务处理不合规引起的风险
特殊性税务处理可以实现递延纳税的效果，节约现金流。按规定，企业并购重组适用特殊性税务处理要满足“没有避税的目的”“收购资产或股权要大于75%”“股权支付额不低于整个交易的85%”等5个方面的条件，同时，符合条件的企业需要到税务机关进行备案。实务中，有的企业符合上述五大条件，但没有备案，后续也未做纳税申报，这种情况被税务局发现会认定为偷税。
间接股权转让被纳税调整的风险
近几年，国家税务总局国际司针对间接股权转让的纳税调整案件越来越多，最为常见的情形为境外公司通过转让香港控股“空壳”公司的股权转让内地子公司的股权。
