护照和签证是两个完全不同的概念，所以没有必要担心户口所在地是否异地的问题。
只要你符合日本规定的条件，按照政策的申请流程走就可以了。
日本签字申请流程：
日本可以办理自由行签证类型：个人旅游签证、商务签证（需日方邀请人）
日本观光旅游签证（日本个人旅游签证）
签证类型：三个月个人单次旅游签证、三年多次往返签证、五年多次往返签证
签证材料
1、本人护照 ：申请者须持有本人签名的六个月以上的有效因私护照原件，如有旧护照请一并附上 护照签名必须与个人资料表签名完全一致。
2、本人照片： 2张， ★ 三个月内4.5*4.5cm白底彩色近照
3、身份证复印件 ：1份， 必须是用身份证原件的复印件（二代须复印双面）
4、户口本： 1份 ，全体家庭成员的户口本复印件，包括户主首页 （有同行家属时）能体现关系的户口本或亲属关系公证书
5、名片：2张，所提供的地址、电话、姓名必须正确真实，可以联系到本人，如有公司简介也最好提供 (这个其实是不需要的，如果提供只能作为辅助材料提供，不影响签证)。
6、签证申请表：1份，由申请人本人如实、完整填写并签名 另备个人签名空白资料表1-2份 护照签名必须与个人资料表签名完全一致 日本使馆非常注意签名的正确性。
7、在职证明：1份 担保信必须盖有所在单位的公章，说明申请人职务，在此工作时间，在日期间依从日本法律、不脱团活动、旅游结束后按期间回国。如有滞留不归，由本人及公司承担一切法律责任和所发生的费用，领导的签名、联系电话、日期（日本个人旅游签证，最重要的是需要注明年薪10万元，如果没有注明是申请不到的）。
8、企业营业执照：1份 国家政府机关无须此项，但要提供单位法人代码证复印件，并加盖公司公章（企业的话，必须提供营业执照副本复印件加盖公章，如果是学校或事业单位等提供组织机构代码证复印件加盖公章，必须提供）
9、个人资产证明：1份 5万元存款证明原件，半年以上的银行活期/定期存折、房产、车的复印件各一份资产证明越多越好（日本驻重庆领事馆对银行流水没有要求，可以不提供）
10、结婚证：1份 结婚证复印件（日本领事馆对在一个户口本的人员才会认定为亲属，如果夫妻不在一个户口本上，都是单独的户口，光是提供结婚证，使馆是不认可的，需要提供亲属关系公证书）
11、特殊人群:
a、退休人员：如申请人为退休人员，需要提交退休证的
b、在校学生：如为学生，需提供学生证、身份证户口本、出生证明，有父母同行提供父母资产。
c、无业人员：如申请人无雇主，需提供居委证明。
d、暂住人员：非广东领区提供居住证复印件
日本一年或三年个人多次往返旅游签证
1、护照签发地为上海、浙江、江苏、安徽、江西，并在以上五地工作生活或学习。其他地区签发的护照申请人如在以上五地工作生活或学习，需提供已有六个月记录的有效暂住证或居住证复印件。
2、日本签证申请有领区限制，要注意所属领区。 建议按照居住证所在地或护照签发地就近办理。
3、首次赴日行程中包含冲绳、岩手县、宫城县、福岛县上述4个地区中任一一个地区，并至少在上述地区入住一个晚上酒店，并出示酒店提供的酒店预订单。
4、日本三年多次往返旅游签证，和单次的个人旅游签证提供的材料一样，只是多了一份由税务局提供的年薪25万元的纳税证明。
小孩签证资料
A：父母同行：全家户口本复印件、在校证明放假信、学生证原件、出生证及独生证、如有身份证的需交身份证、护照原件及相片。
B：如只是父或母一方同行：还须提供父母亲的担保同意委托书、父母的户口本、身份证、结婚证复印件一份。
★ 填写签证申请表（报名时领取，申请人签字与护照末页签字一致）
★ 保证金5-20万(根据不同地区及签证记录，具体数额不同)
以商务签证为例所需材料：
1．申请人应提交的材料：
（1）签证申请书（贴付照片，2寸白色背景）
（2）护照
（3）暂住证（只限于户口不属于当地管辖区内的申请）
（4）职业证明（只限于持因私护照的申请者）
（5）所属单位的营业执照或经营许可证复印件（只限于持因私护照的申请者）
（6）户口簿复印件
2．日方邀请单位应提交的材料（注：原则上邀请单位应为法人、团体、国家或地方政府。但是，当大学教授以公务为目的进行邀请时可以认定为邀请单位）：
（1）招聘理由书
（2）停留日程表
（3）身份保证书（注：以业务为目的、且邀请人为日本国政府中央府省厅的课长或大学教授级别以上的人时，可省略身份保证书）
（4）关于邀请单位的材料，分以下a、b、c三种情况：
（a）已登记注册的法人单位： 法人登记簿誊本（发行后3个月以内）（注：如果是在日本国股市上市的企业，可用最新版的「会社四季报」上该企业部分的复印件代替）。
（b） 没有登记注册的单位：以下1．或2．项中的任何材料均可
1.公司、团体概要说明书
2.简介书或宣传册等可说明邀请机关情况概要的资料
（c） 大学教授邀请时：在职证明书
为了提高签发效率，日本使领馆简化了签发手续，并且规定：除外交签证外，其余签证均由日本驻华使领馆指定的代办机构代理，旅游签证由指定旅行社代理，不接受个人申请。所以在申请日本签证时，申请人须先电话咨询代办机构或旅行社，了解需要准备的具体资料并送交代办机构即可，无须亲自去使领馆排队申请。日本共在中国设立一个大使馆、六个领事馆及一个办事处。各个区域管辖划分如下：
日本驻华大使馆：除以下各领事馆管辖区域以外的所有省市
日本驻上海总领事馆：上海市、安徽、浙江、江苏
日本驻广州总领事馆：广东、广西、福建、海南
日本驻青岛总领事馆：山东
日本驻沈阳总领事馆：辽宁（除大连）、吉林、黑龙江
日本驻重庆总领事馆：云南、贵州、四川、重庆
日本驻香港总领事馆：香港特别行政区、澳门特别行政区
日本常驻大连办事处：大连
签证办理周期：5-7个工作日；签证有效期：3个月；停留期：15天；面试要求：不需要。
