对于混合所有制企业的性质，理论界有很多种说法。一般认为，它和公有制经济、集体所有制经济、私人所有制经济不同,不是一种独立的经济成分,而是多种所有制经济成分的混合。就一个行业的企业而言,它是企业财产组织形式,是企业制度的股份制经济。 它非国企，也不是私有企业，那么它的运营机制不能按国企的那一套，当然也和完全的私有企业有某些差别。
我们现在提混合所有制企业多是从搞好国有企业角度出发的。由于单一国有资本构成的国有企业，产权主体虚置，经营责任不落实，不少企业运营机制呆滞，缺乏活力和效率。而混合所有制企业中，国有资本通过控股、参股等形式，与其它性质的资本融合，引进多元化投资主体，有利于改善国有企业的产权结构，推动其在产权多元化基础上，逐步建立规范的现代企业制度和市场化的运作机制；有利于国有产权的流动、重组，优化资源配置，提高运营效率；有利于凝聚更多的资本，有效放大公有资本对其他资本的辐射功能，提高国有经济的控制力、影响力和带动力，体现公有制的主体地位。
对于混合所有制企业有资本的安排问题，很多学者仅仅强调，国有经济在国民经济命脉领域重要行业的混合所有制企业必须坚持控股，国有经济对国民经济非命脉领域的有些行业可以参股。控股与参股不同,参股只为取得收益最大化,而控股不只是实现收益,还要控制国民经济命脉, 发挥国有经济的应有作用。如果国有经济在国民经济命脉领域的重要行业失去控股,也就失去其控制力、影响力和带动力,难以对国民经济发展发挥应有的主导作用。
从公有制和社会主义性质角度考虑，这本无可厚非，问题是我们引进非公有资本的目的是发挥其追求利润最大化、机制灵活的优势，改变原国有企业机制呆板，法人治理结构不清晰的弊病，对经营者的行为进行有效约束。如果我们仍是仅仅强调对企业的控制力，忽视其它资本所有者的权益，那么混合所有制企业仅仅是为了圈钱，更有甚者，还要强迫混合所有制企业去承担原国有企业承担的某些社会功能，那就有可能重蹈国有企业走入困境的老路，组建混合所有制企业的目的失效，非公有资本和公众资本也不会为之投资，我国股市连续处于熊市有很大程度上与之有关。
因此，很多人对混合所有制企业的认识还是很模糊的。我们必须从构建一种新的企业模式的角度来认识其性质。 1法律保障制度：使出资人依法享有与其出资相对应的权益。特别是跨地区投资形成的混合所有制企业，企业所在地的政府及社区，必须保障外来投资者的合法权益，这样才能使投资者敢于跨地区、跨行业进行投资。
2建立产权流转顺畅的运行机制：使投资者根据资本营运的效益和对未来投资收益的预期判断，资本能够及时地进入或及时顺畅地退出，以减少混合所有制企业出资人的投资风险。
3混合所有制企业的所有权与经营权是分离的：因此必须按照现代企业制度的要求，建立规范的委托代理制，构造由股东大会（或股东代表会议）、董事会、经营管理层以及监事会组成的治理结构，并形成对经营管理者既有激励又有约束的机制和办法。根据我国股份制企业运行的实际情况，经营管理者必须摆正自己的位置，即企业经营管理者是受所有者委托的职业经理人，而不是所有者。所有者应当根据经营者的经营业绩给予相应的报酬和奖励，但作为经营者不应享有超出规定之外的剩余索取权。
4混合经济是资本集中的一种形式：分散资本集中到同一个企业之后，然要求不同的所有者之间形成一种凝聚力，共同谋取企业的发展。资本的集中，还要求不同的所有者及其委托代理人，都必须遵循法律规范、公司的契约和章程，防止和减少内耗，以避免混合所有制企业由于人际关系的紧张而导致资本的撤出和企业的解体。
