主要存在如下问题：
一、政府卫生支出不足
卫生总费用包括政府、社会和个人卫生支出三个部分。卫生筹资结构中政府和社会卫生支出比例低是导致目前卫生支出缺乏公平性的主要原因。据统计，从1980年到2002年，政府、社会和个人卫生费用分别增长- 21 %、- 16. 1 %、37. 1 %，很明显，在卫生总费用中，政府和社会卫生支出所占比重呈下降趋势。与此同时，个人卫生支出却逐年增加，所占比重从21. 2 %上升到58. 3 %，承担了卫生费用增长的大部分负担。与国际社会相比，中国卫生费用占 GDP 的比重低于世界平均水平。政府卫生投入不足，伴随着医疗卫生服务价格的上涨，“看病贵”现象成为卫生事业领域严重的问题。
二、卫生资源配置不均衡
1、城乡卫生资源配置不均衡：我国卫生资源大多集中在城市，城乡差距很大，尤其是大医院拥有先进的人才和高级的设备。在人均卫生费用方面 ，城市和农村的人均卫生费用差异越来越大。2007 年，城市人均卫生费用 1 480.1 元，农村人均卫生费用 348.5 元，相差 1 131.6 元，城市人均卫生费用是农村的 4.2 倍。
2、卫生资源配置的区域失衡：东部地区逐年加大对卫生的投入，而中西部地区受地方财力所限，投入严重不足。在城市社区卫生服务的发展上，天津、上海等城市发展很快，已覆盖城市总人口的50％以上，而中西部的省份还不到20％，而且质量不高、服务能力不足。
3、卫生资源配置的供需失衡：随着经济社会的发展和人民群众的生活质量的提高，居民的卫生保健需求有了较大提高，卫生资源配置的总量、结构和质量与居民需求之间存在一定的差距，或者说存在供需失衡。据统计，2002年，我困每万人口卫生人员数为9．6人，而世界同期平均水平为34．6人，我同每万人口床位数为0．6张，而世界同期平均水平为4．0张，这充分说明供需失衡情况的严重性。
三、卫生资源利用效率不高
从卫生资源的分配来看，存在着过度消费和消费不足并存的现象。一方面，在城市，卫生资源过度配置的情况十分普遍。由于资源的过度配置，又引发了供给者诱导需求和消费者的过度消费行为，由此就造成了资源极大的损失和浪费。另一方面，在我国广大农村，特别是贫困农村，卫生资源的配置又相对贫乏，缺医少药的情况仍然很严重。其结果必然是造成宏观效率低下。
政府应针对以上我国卫生资源配置存在的问题，优化卫生资源配置，推动我国卫生事业科学发展。
