区别在于定义和用处不一样。
定义：
国药准字：是经过国家食品药品监督管理局批准的，颁发给生产企业的允许该企业生产该品种的批准文号，它是个性化的，每个生产企业每个生产品种都有自己独有的批准文号。根据国家药监局规定，自2003年6月30日后生产的药品实施新的批准文号，格式是：国药准字+1位拼音字母+8位数字，字母用拼音字头表示药品类别，数字表示批准药品生产的部门、年份及顺序号。
健字号：是06年以前国家药监局批准的达不到药品标准但具有一定保健作用的食品，现在健字号已经取消批准了，现在市场上已经停止流通了，也就是说现在市场上如果有健字号的，全部都是违法的假冒产品。
作用：
对于药品，现在国家规定统一使用的批准文号是“国药准字”号，即平常所说的“药字号”。根据国家药监局规定。
保健品的批准文号则是“卫食健字”或“国食健字（）第××号”。其中2003年以前通过审批的批号是“卫食健字”，2003年以后通过审批的批号是“国食健字”。
扩展资料
在现行《药品管理法》中规定，生产药品“需要经过国务院药品监督管理部门批准，并发给药品批准文号”。所以，现在如果我们在市场上发现“X卫药准字”等非“国药准字”批准文号的药品，因为已经过了国家药监局规定的有效期，均可视为假药。
为了保证临床用药安全，1999年以后，国家将过去的地方药品标准，提升为国家药品标准，对“X(省)卫药准字”的格式的药品进行清理整顿，对符合国家标准的药品核发“国药准字”的批准文号。
