佩恩的本体，在429话中小南叫佩恩长门。
长门是雨忍村民的孩子，在忍界大战中，父母都被杀，成了孤儿。与弥彦和小南一起遇到了木叶三忍，大蛇丸想杀了他们，但自来也却收他们为徒，教授他们忍术。长门平时，头发遮住了整个眼睛，性格也比较胆小。有一天，弥彦在外面被一岩忍中忍袭击而受伤，小南跑回找来了自来也。当自来也赶到时，发现长门已经杀死了中忍，脸前的头发也打开，露出了他的轮回眼。有人说长门是为了保护同伴而开的轮回眼（就像写轮眼的开眼过程一样），也有人说长门的眼是一直开着的，只是被头发遮住而已。据长门自己回忆，当时他失去了意识，晕了过去，等恢复意识时，发现那个中忍已经倒下了。长门是比较胆小的，他不可能一个人挑战中忍，他也没有那么强的实力，由此可以判断，长门的轮回眼也具有意识，并在关键时刻成了长门意识的主导。现在正在木叶附近指挥佩恩与鸣人的战斗,正要成功时，四代火影出现在了鸣人的意识里，鸣人和他谈话，从地爆天星里面出来了。长门吐血，小南在一旁十分担心，可是长门叫他不要管。
当佩恩被鸣人用螺旋丸打败后，鸣人追踪到了长门的所在，是被小南的纸形成的一棵树。
鸣人冲进树内，小南想保护长门，但长门让小南退下，与鸣人谈论和平的事，他还说他与鸣人都是根据自来也的理想——和平而努力着，但方式不一样。
鸣人与四代的谈话中，得知十六年前让九尾来进攻木叶的幕后元凶的宇智波斑，而四代当时觉察到了，斑将四代的忍术全部识破，是个很强的对手，四代明白，如果要打败宇智波斑，就要使一个人能够用九尾的力量往善的方向打败斑，而四代选中了自己的儿子鸣人。并解释这件事的真正含义，让鸣人自己想深奥的地方，为鸣人修好封印后走了。
长门心理和身体受过重创，所以使自己的思想变的嗜杀，与弥彦的理想都是征服世界，也都是为了和平。某次战斗中团藏擒住了小南，以此威胁长门杀掉弥彦，令人意外的弥彦为了他们两人能够活下去，借长门的手自杀了，而弥彦的身体便成为了长门的天道。身体的重创，可能是他因为思想变化，修炼一些对自己伤害极大的忍术，导致自己身体的功能丧失，只能靠已天道为首的六道来执行自己做不到的事，而进攻木叶是受斑的唆使，被斑利用，如果说这时的长门是个木偶，那斑就是个木偶师，但是利用关系，线必须掌控好，这样才能使自己的“木偶剧”更成功。
长门、斑、绝这三人看似是铁三角，其实并不互相信任，都是存在你帮我我帮你的关系，这也最容易破裂。
至于长门为什么可以操控六道，我从网上搜寻有关资料，有的说是发送查克拉，有的是说发送精神力量，我个人认为应该是精神力量，因为运送查克拉肯定会被察觉到，而精神力量就不同了，用的查克拉都是六道本身的，就相当于将意识传达，这就可以解释佩恩使用神罗天征后，其他五道还可以自由活动的原因，佩恩一人需要休息，但长门因副作用吐血，这就可能是这个术的弱点。
长门很强，但是过多的修炼禁术使自己人不人鬼不鬼，虽然有天下第一瞳术轮回眼，但频繁使用使自己的健康慢慢被吞噬，最终自己只能靠六道这几个傀儡做事，但长门也很可怜，拥有邪恶的轮回眼不是他的错，从小受到的创伤太多了，不管是身体上还是心理上，所以自己为了不再受到伤害，变得冷酷，甚至有点为强大为征服世界不择手段，不止是伤害自己，就算现在如果让他达成征服世界的愿望，条件是杀死自己所有朋友（包括小南和晓的成员）他也会愿意，甚至一点也不会惋惜。
长门的能力因为轮回眼，所以几乎所有忍术都会，以前的长门健健康康是使用那些副作用小的禁术，而现在，不管副作用多么大他都会用，这也是造成这样的重要理由。
