在工作时间将进项发票准拿到国税申报大厅，由税务工作人员将发票信息扫入系统，由系统自动进行比对。
对于开展了网上认证的地区，纳税人可以在自己单位将发票通过扫描仪扫入，将数据文件传给税务机关就可以完成认证。增值税发票认证的期限为从开票之日起90日内，当月认证的发票必须在当月抵扣。第一种认证办法无需说明，第二种网上认证的步骤详细说明如下：
打开“企业电子报税管理系统”，点击“进项发票管理”下的“防伪税控进项专用发票管理”，点击左上角的“新增”，再录入相应的票面信息，全部核对正确后点“保存”后，再点“审核”，有多少张新增多少次。
所有待认证发票输入完后，点击“进项发票管理”下的“待认证进项发票导出”，点击左上角“录入日期”，然后点确定，等需认证发票全部显示出后，再点击右上的“写网上认证文件”(如果需要去税局认证，需点击“写XML文件”)，选好文件存放路径(一般存放在 A 盘或移动 U 盘中)，点击“确定”。弹出写文件成功提示框，继续点“确定”，然后进入广东税局网开始发票认证。
网上认证需要1-2工作日以后得知认证结果，待结果出来后，在“认证查询”栏中查询认证结果，如果全部发票认证成功，点击“认证结果下载”的“进入下载”，“生成文件类型”选择“认证101”，“所属年月”选择本月，点击下载。点击“认证结果通知书下载”， 下载后把通知书打印出来。 如有发票认证未通过需再上传一次。
