新车购置税是在税务机关缴纳的，税务机关在4S店设有收缴机构的可以在4S店缴纳。
根据《中华人民共和国车辆购置税法》第十条 车辆购置税由税务机关负责征收。
第十一条 纳税人购置应税车辆，应当向车辆登记地的主管税务机关申报缴纳车辆购置税；购置不需要办理车辆登记的应税车辆的，应当向纳税人所在地的主管税务机关申报缴纳车辆购置税。
第十二条 车辆购置税的纳税义务发生时间为纳税人购置应税车辆的当日。纳税人应当自纳税义务发生之日起六十日内申报缴纳车辆购置税。
扩展资料：
《中华人民共和国车辆购置税法》第三条 车辆购置税实行一次性征收。购置已征车辆购置税的车辆，不再征收车辆购置税。
第五条 车辆购置税的应纳税额按照应税车辆的计税价格乘以税率计算。
第七条 纳税人申报的应税车辆计税价格明显偏低，又无正当理由的，由税务机关依照《中华人民共和国税收征收管理法》的规定核定其应纳税额。
参考资料来源：国家税务总局——中华人民共和国车辆购置税法
