(一)房产转让
即使小产权房办房产证，也拿不到正式的房产证，因此并不构成真正法律意义上的产权。即小产权房只有使用权，没有所有权。根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，小产权房不能向非本集体成员的第三人转让或出售，即购买后不能合法转让过户。其同时对房屋的保值和升值也有一定影响。
(二)政策风险
购买在建小产权房时，购房人与开发商签订合同并交付房款后，如果相关部门整顿乡产权房的建设项目，可导致部分项目停建甚至被强迫拆除。购房后如果遇到国家征地拆迁，由于乡产权房没有国家认可的合法产权，购房人并非合法的产权人，所以无法得到对产权进行的拆迁补偿，而作为实际使用人所得到的拆迁补偿与产权补偿相比微乎其微。
(三)监管缺位
乡产权房屋的开发建设没有明确的规定加以约束，开发建设的监管存在缺位，对购房者的利益有一定的影响。同时，开发单位的资质没有，房屋质量和房屋售后保修难以保证。
