1、种源科属不同。石菖蒲为天南星科植物的干燥根茎，九节菖蒲为毛茛科植物阿尔泰银莲花的干燥根茎。
2、性状不同。石菖蒲根茎呈扁圆柱形，表面棕褐色或灰棕色，粗糙，有疏密不匀的环节，；九节菖蒲根茎略呈短小纺锤形，表面棕黄色至暗棕色，具多数半环状突起的环节。
3、理化性质不同。各取粉末1g，用10ml乙醚浸泡20分钟，取浸提液点于滤纸上，干后在紫外灯观察：石菖蒲显紫红色荧光，九节菖蒲显浅绿色荧光。
4、药理作用不同。石菖蒲的主要活性成分为β-细辛醚、α-细辛醚，具有解痉、抗惊厥作用；而九节菖蒲含棕榈酸、β-谷甾醇等，具有祛风、利湿、健胃等作用。
扩展资料：
石菖蒲又名水剑草、水蜈蚣、山菖蒲。为天南星科植物石菖蒲的根茎。其性味辛、苦，微温。能祛湿化痰、芳香开窍、和胃安神。
药理证实石菖蒲有镇静及抗惊厥、促进消化液的分泌、抑制胃肠异常发酵、弛缓肠管平滑肌痉挛、扩张支气管、增强脑区域性代谢功能的作用，对致病性皮肤真菌有抑制作。
九节菖蒲：又名小菖蒲、京菖蒲、节菖蒲，为毛茛科植物阿尔泰银莲花之根茎。其性味辛，微温。能温化痰湿、开窍醒神。主治热病神昏谵语、癫痫痰厥、多梦健忘等。
九节菖蒲开窍醒神，散湿浊，开胃；外用解毒杀虫。治热病神昏谵语，癫痫发狂，下痢；因湿浊阻于胃中而致呕吐不食等。外敷治痈疽疥癣。
参考资料：
参考资料：
