农村不动产权证书应当在市、县不动产登记服务中心办理。
因为根据《不动产登记暂行条例实施细则》第二十五条规定：市、县人民政府可以根据情况对本行政区域内未登记的不动产，组织开展集体土地所有权、宅基地使用权、集体建设用地使用权、土地承包经营权的首次登记。
依照前款规定办理首次登记所需的权属来源、调查等登记材料，由人民政府有关部门组织获取。所以在办理不动产权证书，应当也在市、县不动产登记服务中心办理。
扩展资料：
以农村房屋所有权首次登记为例需要提交的材料有：
按照《不动产登记暂行条例实施细则》第四十一条规定，申请宅基地使用权及房屋所有权首次登记的，应当根据不同情况，提交下列材料：
（一）申请人身份证和户口簿；
（二）不动产权属证书或者有批准权的人民政府批准用地的文件等权属来源材料；
（三）房屋符合规划或者建设的相关材料；
（四）权籍调查表、宗地图、房屋平面图以及宗地界址点坐标等有关不动产界址、面积等材料；
（五）其他必要材料。
参考资料来源：百度百科-不动产登记暂行条例实施细则
