1、培养方向不同
全日制学术型硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位
全日制专业型硕士是克服学术型硕士的弱点，国家新增的培养特定高层次专门人才。
2、招生考试不同
全日制学术型硕士招生考试是12月份的“统考”；
全日制专业型硕士的招生考试是12月份的“统考”；
在职专业型硕士的招生考试是参加10月份的联考（工商管理硕士等个别少数专业也可参加1月份“统考”）。
3、学制不同
从学制来说，全日制专业型硕士一般2~3年，其中不少于半年的实习期；而全日制学术型基本上以学习理论为主，学制一般为3~5年。而在校的主干课程基本上是完全一样，生活、学习与导师培养方式等等都没太大区别的。
4、文凭颁发不同
全日制学术型硕士同时颁发学位和学历证书。
全日制专业型硕士同时颁发学位和学历证书。
非全日制专业型硕士只颁发学位证书（工商管理硕士等个别少数专业除外）
5、认可度不同
全日制学术型硕士和全日制专业型硕士：社会对这样的毕业生的认可度非常高。
在职专业型硕士：社会对这样的毕业生的认可度低。
6、培养方向不同
根据中国的有关规定，普通硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位；而专业硕士是具有职业背景的硕士学位，为培养特定职业高层次专门人才而设置。
学术硕士毕业后主要是去研究所搞研发工作，而专业硕士主要是进入企业发展，就业更灵活，发展空间更大。
7、培养方向
专业型硕士培养应用型和工程研究型人才；
学术型硕士是培养学术研究型人才。
8、招生条件
国家09年开始新增的全日制专业型硕士与GCT专业硕士不是同一个概念，全日制专业型硕士招生的条件与以往的全日制学术型硕士相同，没有要求工作经验，应届生可以报考。
