1)吴华勇,蒋代华,蔡鹏,荣兴民,黄巧云, 低分子量有机配体对黏粒矿物吸附苏云金芽孢杆菌的影响，土壤学报，2011,48,(6):1293-1297.
2)荣兴民, 黄巧云, 陈雯莉, 蔡鹏, 梁巍. 细菌在两种土壤矿物表面吸附的热力学分析. 土壤学报, 2011, 48 (2): 331–337.
3) 陈寒松 刘丽娜 黄巧云* 蔡鹏 梁巍 2008 堆肥修复土壤金属污染的研究进展，应用与环境生物学报（接受）
4) 周学永, 高建保，蔡鹏，黄巧云* 2008 Bt毒素在三种矿物表面的吸附与解吸 应用生态学报，19（5）：1144-1148.
5) 路延笃，黄巧云*，陈雯莉，雷磊，何小川 2008 猴金属硫蛋白α域（MT-α cDNA）突变体的构建、表达及工程菌对重金属的吸附 环境科学学报，28(9):1763-1770.
6) 方临川 黄巧云* 蔡鹏 梁巍 2007 XAFS技术在重金属的界面吸附研究中的应用 应用与环境生物学报（接受）
7) 荣兴民，黄巧云*，陈雯莉，梁巍 2007 土壤矿物与微生物相互作用的机理及其环境效应 生态学报, 28(1)：376-387.
8) 朱俊 蔡鹏 黄巧云 荣兴民 梁巍 2007 磷酸盐和低分子量有机酸盐对红壤胶体和矿物吸附DNA的影响 土壤学报，44: 印刷中。
9) 曾军 黄巧云* 陈雯莉 2007 基于luxAB标记菌株的发光定量分析及其在镉毒性检测方面的应用 应用与环境生物学报, 13(1)：135-139.
10) 蒋代华黄巧云*蔡鹏荣兴民陈雯莉 2007 粘粒矿物对细菌吸附的测定方法的建立 土壤学报, 44（4）：656－662
11) 赵振华 黄巧云 廖丽霞 夏立玲 李学垣2007 酒石酸对粘粒矿物上酸性磷酸酶吸附及活性的影响。土壤学报，44(5): 867－872
12) 路延笃 黄巧云* 陈雯莉 李林 2006 细菌表面展示技术及其在环境重金属污染修复中的意义 生态与农村环境学报 22（4）：74－79.
13) 张学文 蔡鹏 黄巧云* 胡红青 2006 抗重金属细菌对土壤胶体和矿物比表面积的影响，华中农业大学学报，25（4）：393～396
14) 谢朝阳, 黄巧云, 黄敏, 韩红梅 2006 耐重金属细菌对土壤胶体矿物体系吸附铜的影响 湖北农业科学，45（5）：587－592。
15) 周学永 陈守文 吴新世 黄巧云 2006 苏云金芽胞杆菌原毒素在蒙脱石上的吸附特性研究 农业环境科学学报, 25(4):992-996.
16) 黄 敏 苏以荣 黄道友 吴金水 黄巧云 2006 土壤养分循环实地采样调查方法 应用生态学报，17（2）：205－209。
17) 赵振华 黄巧云 蒋新 王代长 郜红建 李学垣 2005 草酸对土壤胶体与矿物表面酶的吸附及活性影响 应用生态学报，16（3）：533－538。
18) 冯雄汉 谭文峰 刘凡 黄巧云等 2005 碱性介质中水钠锰矿的生成途径 中国科学 （D辑） 35(4):340-351.
19) 潘园园 陈雯莉 黄巧云 2005 一株抗重金属铜镉细菌的分离、鉴定及其16S rDNA的序列分析 微生物学通报 32（3）：68-72。
20) 徐磊辉 黄巧云 陈文莉 2004 环境重金属污染的细菌修复与检测，应用与环境生物学报，10(2):256-262.
21) 黄敏 肖和艾 黄巧云 李学垣 吴金水 2004 有机物料对水旱轮作红壤磷素微生物转化的影响 土壤学报 41(4): 584-589.
22) 赵振华 黄巧云 蒋新 余贵芬 王芳 李学垣 2004 乙酸对土壤胶体矿物吸附酸性磷酸酶的影响 应用生态学报.2004,15(3).482-486
23) 郭学军 黄巧云 陈雯莉 2002 微生物对土壤环境中重金属活性的影响 《应用与环境生物学报》8（1）:105-110.
24) 赵振华 黄巧云 李学垣 2003 低分子有机酸对土壤胶体矿物吸附磷酸酶的影响. I 醋酸的影响. 土壤学报, 40(2): 224-231.
25) 赵振华 黄巧云 李学垣 2003 磷酸对土壤胶体矿物吸附酸性磷酸酶的影响. 土壤学报, 40 (3): 353-359.
26) 赵振华 黄巧云 陈文莉 2002 几种低分子量有机酸、磷酸对土壤胶体和矿物吸附酸性磷酸酶的影响,中国农业科学，35(11):1375-1380.
27) Huang, Qiaoyun, W. Chen, L. Gianfreda and A. Violante 2002 Adsorption of acid phosphates on minerals and soil colloids in presence of citrate and phosphate. Pedosphere, 12(4):339-348.
28) Huang, Qiaoyun; J. Wu; W. Chen and X. Li 2000 Adsorption of cadmium on soil colloids and minerals in presence of rhizobia. Pedosphere 10(4):299-307.
29) 黄巧云 吴剑媚 陈雯莉 李学垣 1998 根瘤菌与土壤胶体、氧化铁对重金属的吸附：I.铜的吸附, 华中农业大学学报，17(1):29-34。
30) Huang, Qiaoyun; M.Jiang and X.Li 1998 Effects of iron and aluminum oxides and kaolinite on the adsorption and activity of invertase. Pedosphere 8(3):251-260
31) 秦天才 吴玉书 黄巧云 胡红青 1997 镉、铅单一和复合污染对小白菜抗坏血酸含量的影响，生态学杂志，16(3):31-34。
32) 黄巧云 李学垣 徐凤琳 1995 硅对酸性土壤铝毒的缓解作用，环境科学，16(6):11-13。
33) 黄巧云 李学垣 徐凤琳 1995 土壤酸化过程中铝的形态与小麦缺钙和铝毒发生的条件，华中农业大学学报, 14(2):147-153。
34) 黄巧云 李学垣 1995 粘粒矿物、有机质对酶活性的影响 土壤学进展, 23(4):12-18。
35) 胡红青 黄巧云 李学垣 1995 磷矿粉缓解酸性土壤铝毒的研究，中国农业科学，28(2):51-57。
36) 李学垣 黄巧云 徐凤琳 1995 Forms of active aluminum in acid soils and aluminum phytotoxity. 华中农业大学学报, 14(4):356-361。
37) 胡红青 黄巧云 李学垣 1995 不同铝浓度对小麦根系分泌氨基酸和糖类的影响， 土壤通报, 26(1):15-17。
38) 黄巧云 李学垣 徐凤琳 1994 铝对小麦幼苗生长和某些生理性质的影响，植物生理学通讯，30(2):97-100。
39) 徐凤琳 李学垣 黄巧云 1992 莽山北坡土壤的粘粒矿物，土壤学报，29(1):48-56。
40) Li, X.; F. Xu; Qiaoyun Huang and T.Yao 1991 The surface properties of soils with variable charge in central and southern China . J. Central China Agri. Univ. 10(4):36-44.
41) 徐凤琳 黄巧云 李学垣 1991 中南地区地带性土壤中的1.4nm矿物与胶体表面性质，土壤学报，28(2):146-154.
42) 黄巧云 徐凤琳 李学垣1989 中南地区地带性土壤的粘粒矿物组合与1.4nm矿物，华中农业大学学报，8(1):45-52.
43) 徐凤琳 李学垣 黄巧云 曲晨曦 周家武 1990 大别山南坡土壤的粘粒矿物，土壤学报，27(3): 293-300.
44) 陈文莉 黄巧云 郭学军 2003 根瘤菌对红壤和褐土中重金属形态的影响，应用生态学报, 14(8):1278-1282.
45) 黄敏 吴金水 黄巧云 李学垣 2003 土壤磷素微生物作用的研究进展 生态环境 12（3）：366-370。
