《剧场版 假面骑士Kabuto GOD SPEED LOVE》的故事，是对原本TV版的世界观的重新构筑。以前，降落在地球的陨石比电视版大了百倍，而且也没有降落在日本涩谷，而是在太平洋中，造成海水蒸发，大片海洋消失，气候异常，人类生存受到威胁。不过相同的是，陨石中夹带的大量的外星生物Worm侵略人类世界，带来破坏和恐慌。人类组成ZECT这个特别武力组织，并且开发出假面骑士系统，对抗有超能力的Worm。
有些原本ZECT的成员不满ZECT的做法，脱离之后另成立NEO ZECT，与追缉他们的ZECT对抗。
在一次ZECT和NEO ZECT的对抗中，一个神秘男子天道总司出现在打斗现场，同样有变身成为假面骑士的能力，却不属于任何一个组织，让双方都感到惊讶和困惑。
然后，一个可怕的阴谋，在此时开始悄悄地进行。ZECT计划用天空梯子方案将彗星吸引至地球，来获得大量的水重新建筑自然环境，然而，在这个计划的背后，却是ZECT高层与Worm的阴谋。在彗星后面，有一个巨大的、满载Worm卵的陨石跟着向地球而来，这个陨石将会彻底毁灭地球和人类，Worm得以控制整个世界。
最后，这颗陨石被变身成Hyper Form的天道用Hyper Clock Up带回到以前，和原来的那颗大陨石相撞，最终粉碎，历史被改变，碎石中有一颗较大的降落在涩谷，自此假面骑士Kabuto TV版的世界观开启。 黑崎一诚
假面骑士Caucasus的适能者
喜欢蓝玫瑰，“用玫瑰来装饰叛徒的血和复仇者的泪”、“玫瑰只会守护更强大、更美丽的生物”、“玫瑰的花语是爱，伴随着爱散华吧”是他常说的话。瞬间打倒了Hercus还险些杀死Kabuto与Gatack，最后被Kabuto夺走Hyper Zecter并被其超越形态消灭。
织田秀成
假面骑士Hercus的适能者
为了自由而和ZECT战斗，想夺取ZECT天空梯子计划，但被修罗背叛。虽打败了The Bee但却被Caucasus杀死。能够使用ZECT苦无枪进行全范围战斗，擅长操纵机车。
大和铁骑
假面骑士Ketaros的适能者
与加贺美一起执行天空梯子计划，并在太空和Kabuto战斗，最后因为陨石爆炸的冲击而坠落地球而死。
修罗
表面上是NEO ZECT的人，实际是ZECT安排的间谍。Drake也因此中计被消灭。标志性的语录为“如果女人是花，那么背叛就是花蜜”。最后发现ZECT的真正意图，在临死前告诉了天道真相。
