中科院在新中国成立后建立了第一所科研类大学——“中国科学技术大学”，简称“中科大”，不久又建立了中国的第一所研究生院——“中国科学技术大学研究生院”，培养了中国本土的第一位理学博士、工学博士以及第一位男博士和第一位女博生。再后来，老板们发现学生来了后都去中科大上课学习去了，没人帮他们干活了，于是决定把中科大研究生院单独分出来留在北京，让研究生们继续为他们效力，而把中科大本科生部留在了安徽省合肥市。留在北京的更名为“中国科学院研究生院”，而留在合肥的就是今天的“中科大”。如果把他俩比作双胞胎，那中科院就是父亲。之前父亲还设想中科大作为一流学校培养一流本科生，然后再到中科院研究生院接受一流硕士和博士培养。但随着时间的推移，这两个双胞胎兄弟越走越远，终于到了形同陌路的时候。研究生院的生源质量开始变差，大多都是二流学校的一流学生或者一流学校的二流学生。中科大也不再专门为研究生院输送优秀本科生，甚至直接与父亲分家，自己建了一个研究生院。在这种形势下，父亲必然会更心疼研究生院，于是做了一个大胆的决定，让研究生院招收自己的本科生，这一想法虽是一时怒气，却破天荒的为中国憋屈的大学教育找到了新的突破口，消息传到了党中央国务院，立刻引起了高度重视。
在中国另一座与北京同等重要的城市上海与地方合作，充分发挥上海已有研究所作用的基础上，建立一所这样的创新型大学，于是“上海科技大学”也诞生了，隶属于中国科学院。
简而言之，中国科学院大学和上海科技大学都隶属于中国科学院。
部分内容取自：“野谈新兴高校“国科大”：介绍给正在择校的中国学子 （吕来）”
