根据伊朗宪法，伊朗实行政教合一、神权高于一切的政治体制。最高领袖哈梅内伊是一言九鼎的一把手，其权力在行政、立法、司法之上。而总统则是表面上的二号人物，他也必须按照最高领袖的意见行事。
最高领袖才是三军统帅
伊朗伊斯兰革命1979年获胜后，以霍梅尼为首的什叶派宗教领袖，在伊朗建立起了一种独特的“伊斯兰共和制”。其中，必须解释一下以下几个关键词：
◆最高领袖——伊朗国家最高领导人，也是政教合一的象征。最高领袖是武装部队总司令，有宣战和停战的权力；可任免宪法监护委员会(宪监会)宗教成员、司法总监、音像组织主席、武装部队参谋长、革命卫队司令以及武装部队和安全部队的司令；协调国家三权机构领导人之间的关系；罢免总统等。
◆总统——是最高领袖之后的国家最高领导人，既是国家元首又是政府首脑。总统“负责实施宪法、协调三权关系并领导除直接由最高领袖负责的那部分事务之外的行政事务”。总统由直接选举产生，任期四年，可连任两届。
◆专家会议——选举最高领袖的最高权力机构。专家会议共有成员86人，只有什叶派教士才能成为成员。专家会议可在最高领袖不称职或失去最高领袖的必要条件时废黜领袖。值得注意的是，专家会议中有为数不少的阿亚图拉。“阿亚图拉”是伊斯兰教什叶派的高级职衔，获得阿亚图拉称号的教士对伊朗民众的影响力比总统要大。
◆确定国家利益委员会——实际上凌驾于行政和立法的权力之上。为了保证伊斯兰议会决议不违背伊斯兰教义和宪法原则，宪法规定成立了宪监会，议会通过的任何议案必须得到宪监会的批准后才能成为法律。确定国家利益委员会是为了裁决议会和宪法监护委员会的分歧而设立的。目前，该委员会凌驾于行政和立法机构的权力之上，前总统拉夫桑贾尼是其主席。
由此可见，伊朗的政治体系分为两大系统：宗教领袖系统和政府系统。宗教领袖系统是监护系统，由宗教统治集团内部指派产生，拥有绝对的权力，凌驾于政府系统之上。据估计，伊朗最高宗教领袖在各种机构的代表达到2000人之多。
宗教领袖很有权力
阿亚图拉·哈梅内伊，是伊朗伊斯兰共和国创始人、首任最高领袖霍梅尼的学生，也是参加过伊斯兰革命的元老人物。他在1989年6月霍梅尼逝世后，被专家会议选举为最高领袖。哈梅内伊出生在宗教世家，在政治上坚持神权至上，而且作为霍梅尼的继承人倾向于保守派，但他也认为伊斯兰政权应该适应时代的要求进行一些变革。
阿亚图拉·拉夫桑贾尼，是伊朗政坛的重量级人物。他曾经当过议长和两届总统，目前是确定国家利益委员会主席。拉夫桑贾尼实际拥有的势力比表面看来更加强大，因为他本人是一个很有号召力的宗教领袖，此外，拉氏家族是一个权势很大的商业家族。他曾经说服霍梅尼结束了两伊战争，并通过贸易开放打破了伊朗在国际上的孤立。
总统艾哈迈迪-内贾德，被西方媒体称为伊朗政坛的“新保守主义者”，坚决主张回归伊斯兰革命传统与价值观，反对与西方妥协。有西方观察家指出，哈梅内伊对艾哈迈迪-内贾德的精神导师、被誉为原教旨主义“精神之父”的阿亚图拉雅兹迪也存在戒心。不过目前，哈梅内伊仍坚决支持艾哈迈迪-内贾德。
伊朗的传统主义势力是以什叶派宗教领袖和巴扎(集市)商人的联盟为基础的，它们(两者曾是霍梅尼推翻巴列维王朝的主力军)是伊朗一支强大的宗教、政治和经济力量。复杂的政治架构导致了伊朗决策机制的复杂性。由于机构和权力的重叠，往往会有不同的人物发挥着影响，导致伊朗的政策呈现反复的状态。但在对待核问题上，伊朗领导人还是采取基本一致的立场。
