补充侦查在侦查阶段两次为限，在法庭审理阶段也是两次为限。本案12月25日退回补充侦查发生在侦查阶段，3月29日和6月16日的补充侦查都出现在法庭审理阶段，所以不违法。
但法庭审理中的补充侦查，检察院应当自行侦查，必要时可由公安机关协助。
因此，3月29日和6月16日的两次补充侦查都由公安部门完成是违法的。
在侦查阶段，补充侦查完毕移送检察院后，重新计算审查起诉期限。
审查起诉期限为1个月，必要时可以延长半个月。
因此，2009年1月25日才开始计算审查起诉期限，并可以延长1个半月。那么，到2009年2月25日是过了1个月，再加半个月（15日），刚好是3月19日。因此没有超限期。
在法庭审理阶段，如有补充侦查的情况，法院应延期审理。补充侦查完毕移送法院后，重新计算审限。
公诉审限，至迟不得超过2个半月。
那么从2009年6月16日到8月4日，没有超限期。
