数码兽的过度增殖，造成数据空前膨胀，终于引发了普遍性数码世界危机。鉴于数码世界可用率越来越低的现状，掌管总信息的主系统世界树（Yggdrasil）创建了新数码世界，并将一部分选中的数码兽转移过去。对于剩余的数码兽以及旧数码世界，则用“X程序”予以彻底毁灭。这类似于《圣经》中诺亚方舟的故事，因而称为“方舟计划”。X程序能够侵染数码兽的心脏“电脑核”，但凡被感染的数码兽，死亡率高达98%，然而有2%的个体，产生与现实生物相似的特异性免疫反应，自身制造出“X抗体”从而免于死亡，并设法逃到了新数码世界。X抗体能改造数码兽的电脑核，激发其潜能，实力大大增强。对于这些不速之客，世界树命令手下的皇家骑士将之消灭。
多路兽是世界树创造的天生带有X抗体的数码兽，用以观察该试验体在新世界的状况，并想借由它的力量执行方舟计划（最后红莲骑士兽有提到）。后来由于拥有X抗体的数码兽组织起了反抗组织，在新数码世界进行着地下反抗。世界树启动了“方舟计划.第二阶段”，决定消灭这个世界，而皇家骑士无法很好地执行这一计划，所以抓走了多路加兽，扫描了它的资料，制造出了大量无意识暗多路暴龙兽，进行对数码世界对毁灭。
影子指的是它的X抗体，因为对于逃到新世界的数码兽们来说，拥有X抗体能够抵御X程序，就相当于生命一样宝贵（狮子兽、钢铁加鲁鲁兽的话中都能体现出X抗体的重要）。给奥米加兽X抗体，是为了让它继承自己的遗志，使之进化为奥米加兽X，打倒世界树。
奥米加兽作为皇家骑士，本来应该像金甲龙兽一样坚定不移地执行世界树的命令，但是由于多路兽、红莲骑士兽等数码兽的坚持，逐渐对世界树产生了怀疑。后来在询问世界树去没有得到回答时，为了使数码世界不致毁灭，两人联手去与世界树战斗。
在新数码世界中，数码兽死亡会被送往象征死亡的数据空间，但是在哪里会有极低的几率返回，红莲骑士兽和钢铁加鲁鲁X都是如此。至于红莲骑士兽的X抗体，可能是由于它在数据空间沾染了X程式，并承受了下来，产生了X抗体。
