三证合一后，税务登记证被取消了，企业不需要再变更税务登记证。税务登记改为税务登记备案，税务登记备案流程如下：
1、签发新的营业执照(工商部门)，核发新营业执照纳税持执照本、副本各份税务本、副本各份、代码本、副本各份公章办理。
2、重印发票专用章（公安部门），对发票专用章的使用，应以企业变更和印章的申请方式变更为发票专用章。
3、银行信息变更重新签署三协议(银行部门)设银行账户按规定要登记税务登记证号号码进行升位需至户银行申请终止三协议办理税务变更事项且再重新进行签署新三协议办理税务号变更等纳税银行设银行账户请别办理切勿造缴款失败加收税务滞纳金
四、税控设备变更签发(税务部门)工作重要号码升级税票系统需要重新发放
拓展资料
所谓“三证合一”，就是将企业依次申请的工商营业执照、组织机构代码证和税务登记证三证合为一证，提高市场准入效率；“一照一码”则是在此基础上更进一步，通过“一口受理、并联审批、信息共享、结果互认”，实现由一个部门核发加载统一社会信用代码的营业执照。
2015年10月1日起，营业执照、组织机构代码证和税务登记证三证合一。
实施方案
基本原则
1.兼容并蓄，降低成本。以当前基础较好、应用广泛的组织机构代码为基础，最大限度满足各部门管理需求，降低另建及改造成本，减轻社会负担。
2.统一标准，分步实施。制定统一代码制度建设相关标准，确定代码位数和构成。设立过渡期，实现现有各类机构代码逐步向统一代码过渡。
3.立足当前，着眼长远。以满足需求、便利管理为导向，制定适合当前各部门兼容使用的编码规则，为将来各部门之间信息共享和业务协同打好基础。
主要特性
唯一性
统一代码及其9位主体标识码（组织机构代码）在全国范围内是唯一的。一个主体只能拥有一个统一代码，一个统一代码只能赋予一个主体。主体注销后，该代码将被留存，保留回溯查询功能。例如，一个主体由事业单位改制为企业，按照法定程序，需依法注销该事业单位，再设立新企业。新设立企业是一个新主体，需赋予新的统一代码。
兼容性
统一代码最大程度地兼容现有各类机构代码，既能体现无含义代码的稳定可靠，又能发挥有含义代码便于分类管理的作用，最大程度地减少改造成本。统一代码在第二、三部分设计了机构类别代码和登记管理机关行政区划码，与工商注册号、事业单位证书号、机构信用代码相应部分含义一致。第四部分主体标识码采用组织机构代码，保证了统一代码与组织机构代码有效衔接。
稳定性
统一代码一经赋予，在其主体存续期间，主体信息即使发生任何变化，统一代码均保持不变。例如，法人和其他组织迁徙或变更法定代表人、经营范围等，均不改变其统一代码。
全覆盖
统一代码制度实施后，对新设立的法人和其他组织，在注册登记时发放统一代码；对已设立的法人和其他组织，通过适当方式换发统一代码，实现对法人和其他组织全覆盖。
参考资料：三证合一-百度百科
