根据《国家税务总局关于印发房地产开发经营业务企业所得税处理办法的通知》（国税发[2009]31 号）和《国家税务总局关于印发土地增值税清算管理规程的通知》（国税发[2009]91号）的规定，对房地产开发企业征收的企业所得税和土地增值税在扣除项目方面有如下的异同。
1）两者的相同点
企业所得税和土地增值税两个税种都是以所得额（增值额）为计税依据。房地产企业的企业所得税每年均按开发产品销售收入（或完工前销售收入）减扣除项目后的应纳税所得额征税。土地增值税按收入减扣除项目后的增值额征税。
2）两者的不同点
⑴土地价款列支项目不同。土地增值税将取得土地使用权所支付的金额单列一项，而企业所得税则计入开发产品计税成本支出的“土地征用费及拆迁补偿费”中。
⑵房地产开发费用准予扣除形式不同。房地产开发企业在计算其企业所得税应纳税所得额的扣除项目时，主要包括成本、费用、税金、损失和其他支出等内容。而土地增值税扣除项目则包括取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、房地产开发费用、与转让房地产有关的税金和加计 20%的扣除等内容。
在土地增值税扣除项目中，与企业所得税不同的地方，表现在房地产开发费用（管理费用、销售费用、财务费用）上，它不是按实际发生数额扣除，而是按一定比例计算扣除（10%以内）。加计扣除部分，也不是按实际发生的成本费用，而是按土地成本和开发成本合计数的20%计算扣除。
在企业所得税的计税成本中，可以按照税法规定计算预提部分费用。国税发[2009]31 号文件第三十二条规定，除以下几项预提（应付）费用外，计税成本均应是实际发生的成本，即：（一）出包工程未最终办理结算而未取得全额发票的，在证明资料充分的前提下，其发票不足金额可以预提，但最高不得超过合同总金额的 10%.（二）公共配套设施尚未建造或尚未完工的，可按预算造价合理预提建造费用。此类公共配套设施必须符合已在售房合同、协议或广告、模型中明确承诺建造且不可撤销，或按照法律法规规定必须配套建造的条件。（三）应向政府上交但尚未上交的报批报建费用、物业完善费用可以按规定预提。物业完善费用是指按规定应由企业承担的物业管理基金、公建维修基金或其他专项基金。
⑶地价款分摊方法不同。在企业所得税的计税成本中，国税发[2009]31 号文件第三十条规定，企业下列成本应按以下方法进行分配。土地成本，一般按占地面积法进行分配。如果确需结合其他方法进行分配的，应商税务机关同意。土地开发同时连结房地产开发的，属于一次性取得土地分期开发房地产的情况，其土地开发成本经商税务机关同意后可先按土地整体预算成本进行分配，待土地整体开发完毕再行调整。
在土地增值税扣除项目中，按照《土地增值税暂行条例》及其实施细则有关规定，纳税人取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用及土地征用和拆迁补偿费，如果土地是分期分批开发的，就按占地面积法进行分配，确定每个项目的土地扣除项目金额；对同一项目中，既有普通标准住宅，又有非普通标准住宅的，应当按建筑面积法分摊扣除项目，分别核算增值额。
⑷借款利息扣除不同。在企业所得税汇算中，计算借款利息时，分为资本化和费用化两种处理方式，即企业为建造开发产品借入资金而发生的符合税收规定的借款费用，可按企业会计准则的规定进行归集和分配，其中属于财务费用性质的借款费用，可直接在税前扣除。
而土地增值税清算中，利息支出只能单独计算扣除，企业要将计入成本中的利息费用从成本中剔除，与计入财务费用中的利息费用合并计算扣除。利息费用符合一定条件的，可以选择据实扣除；不符合条件的，也可以选择计算扣除。对此可详见下节：利息支出的分摊及扣除问题。
⑸扣除项目对合法凭据的要求不同。在企业所得税汇算中，国税发[2009]31 号文件第三十四条规定，企业在结算计税成本时其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的，不得计入计税成本，待实际取得合法凭据时，再按规定计入计税成本。
而土地增值税清算中，国税发[2009]91 号文件第二十一条规定，在土地增值税清算中，计算扣除项目金额时，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除。
⑹项目成本核算方法不同。在企业所得税汇算中，国税发[2009]31 号文件第二十九条规定，企业开发、建造的开发产品应按制造成本法进行计量与核算。其中，应计入开发产品成本中的费用属于直接成本和能够分清成本对象的间接成本，直接计入成本对象，共同成本和不能分清负担对象的单位成本，应按受益的原则和配比的原则分配至各成本对象。
而在土地增值税清算时，国税发[2009]91 号文件第十七条规定，房地产开发项目应以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算；对于分期开发的项目，应以分期项目为单位清算；对不同类型房地产应分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。
