简单来说，其区别在以下：
工程结算：主要进行工程的预收和应收结算；
主营业务收入：是按完工进度来确认的收入；
主营业务成本：是按完工进度来确认的成本。
工程结算是指施工企业按照承包合同和已完工程量向建设单位（业主）办理工程价清算的经济文件。工程建设周期长，耗用资金数大，为使建筑安装企业在施工中耗用的资金及时得到补偿，需要对工程价款进行中间结算（进度款结算）、年终结算，全部工程竣工验收后应进行竣工结算。在会计科目设置中，工程结算，为建造承包商专用的会计科目。工程结算是工程项目承包中的一项十分重要的工作。
主营业务收入是指企业经常性的、主要业务所产生的基燃租本收入，如制造业的销售产品、非成品和提供工业性劳务作业的收入；商品流通企业的销售商品收入；旅游服务业的门票收入、客户收入、餐饮收入等。主营业务收入发生时是在贷方，每到月末要在借方转入本年收入。主营业务收入月末没有余额，所以就没有借贷差。累计栏填写本会计年度截至到本期的累计发生额。具体情况可以具体对待。主营业务收入可以记录本月发生额也可以设置累计发生额栏。
主营业务成本是指公司生产和销售与主营业务有关的产品或服务所必须投入的直接弯正成本，主埋段悔要包括原材料、人工成本（工资）和固定资产折旧等。
