1、关于集体土地使用证和国有土地使用证是一对概念；自建房和商品房又是一对概念。当然，还有一对概念，出让和划拨。
2、自建房一般是相对应农村宅基地，这是划拨、集体土地使用权。需要农村本地户口（土地管理法有“一户一宅”的规定）。
由集体土地转为国有，需要办理征地手续，如果原来是农地，还要先办农地转用手续。
国有土地建房可没有那么简单。现在不能以划拨的形式供应住宅用地，国有土地建的是商品房，需要办理出让手续，现在的供地程序已经取消了协议出让，只有走招拍挂的程序。。
3、如果如你补充的说法，土地已经由集体征为国有，性质则已经改变。必须按国有土地办理相关手续，如果规划变更，属于政府控制土地，则没机会了，但你们的土地所要你交5W多可以办理，则不属于规划变更问题。
4、你们那里的土管所的工作人员，估计对土地的法规知道很有限。你原来已经有集体土地使用证，在不改变用途的前提下，在原址拆旧建新是我们国家土地管理最支持的原则（占用耕地的审批则非常严格）。土地发证，必须是县级以上人民政府，建议到你们县国土资源局咨询。
