主要区别有：法律法规依据的区别、通过的方式的区别、公告内容的区别、处分的方式的区别。
一、法律法规依据的不同
企业年检以《企业年检办法》为依据，
年度报告以《企业信息公开暂行规定》为依据。
二、通过的方式的不同
年检是企业向工商部门提交年检报告及相关资料，由工商部门审查企业是否存在问题 ;
年报是企业向工商部门提交年检报告并予以公布。向社会公布企业对年度报告的及时性和真实性负责。
三、公告内容的不同
年度检验只公布“通过”和“不通过”的标志，
年度报告公布企业填写的所有内容(经营者选择未公布的内容除外)。
四、处分的方式的不同
不参加年检的，依法给予行政处分，直至吊销营业执照。
年报逾期不报告的，依法列入异常经营情况表。
扩展资料：
工商部门在企业申报网上年检后5个工作日内对其申报内容进行预审。工商部门认为企业申报内容不完整或者有错误的，网上告知预审结果，并退回企业修改；认为企业申报内容完整且符合年检规定的，网上告知其预审结果；
认为企业涉嫌违反工商行政管理法律、法规或者规章的，网上告知预审结果，并要求企业在规定时间内到指定工商年检窗口办理年检相关事宜；
企业携带经预审的年检报告书和相关年检材料到指定地点办理年检复核。工商部门依法对其申报材料进行审查。年检复核完成后，工商部门在企业营业执照正、副本（原件）上加盖年检戳记。
参考资料来源：百度百科-工商年检
参考资料来源：百度百科-个体工商户年度报告办法
