一、农村商业银行是由辖内农民、农村工商户、企业法人和其他经济组织共同入股组成的股份制的地方性金融机构。在经济比较发达、城乡一体化程度较高的地区，“三农”的概念已经发生很大的变化，农业比重很低，有些只占5%以下，作为信用社服务对象的农民，虽然身份没有变化，但大都已不再从事以传统种养耕作为主的农业生产和劳动，对支农服务的要求较少，信用社实际也已经实行商业化经营。对这些地区的信用社，可以实行股份制改造，组建农村商业银行。
二、农村合作银行是由辖内农民、农村工商户、企业法人和其他经济组织入股，在合作制的基础上，吸收股份制运作机制组成的股份合作制的社区性地方金融机构。股份合作制这种产权制度，既不是传统意义上的合作制，也不是现代意义上的股份制，而是合作制与股份制的有机结合。合作制的特点是“社员入股、一人一票、服务社员”，适合于分散、弱小的个体劳动者的经济互助，是一种劳动的联合;股份制的特点是“大股控权、一股一票、商业经营”，适合于市场经济发达、商业化程度高的地区，是一种资本的联合。
三、与农村商业银行不同，农村合作银行是在遵循合作制原则基础上，吸收股份制的原则和做法而构建的一种新的银行组织形式，是实行股份合作制的社区性地方金融机构。这种劳动联合和资本联合、“三农”服务功能和商业功能相结合的产权制度，对我国“二元经济结构”比较明显的广大农村地区的农村信用社产权改革来说，是一次新的、大胆的尝试。
1农村商业银行、农村合作银行和农村信用社在设立条件、股权设置、法人治理结构和服务重点等方面都各不相同。在设立条件上，注册资本金、资本充足率、资产规模、资产质量等方面均有不同要求。
2在股权设置上，农村商业银行的股本划分为等额股份，同股同权、同股同利;农村合作银行股权分为资格股、投资股两种股权，资格股实行一人一票，投资股每增加一定额度就相应增加一个投票权。
3在法人治理上，股东大会是农村商业银行的权力机构，同时设置董事会、监事会和经营管理层。
4农村合作银行权力机构是股东代表大会，股东代表由股东选举产生，同时设置董事会、监事会和经营管理层。
5农村信用社为入股社员服务，实行民主管理，社员一人一票。法人治理上，社员代表大会是权力机构，社员代表由社员选举产生，同时设置董事会、监事会和经营管理层。
6在服务重点方面，虽然三者都是主要为辖区内农业、农民和农村经济发展服务，但由于农村商业银行是在经济相对发达地区组建，农业比重较低，因此，在满足“三农”需要的前提下，还需要兼顾城乡经济协调发展的目标。农村信用社的服务对象则更多地侧重于农户。
