抵扣3%。
一般纳税人，如收到税率为3%的增值税专用发票，发票总金额是1000元。
那么，可以抵扣的增值税额=1000/（1+3%）*3%=29.13元。
拓展资料：
增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明；是增值税计算和管理中重要的决定性的合法的专用发票。
实行增值税专用发票是增值税改革中很关键的一步，它与普通发票不同，不仅具有商事凭证的作用，由于实行凭发票注明税款扣税，购货方要向销货方支付增值税。它具有完税凭证的作用。更重要的是，增值税专用发票将一个产品的最初生产到最终的消费之间各环节联系起来，保持了税赋的完整，体现了增值税的作用。
对于增值税专用发票通常有两种称呼，以“十万元”为例，分为：“十万元版”和“限十万元版”。其中，“十万元版”不含税价款可超过人民币十万元，而“限十万元版”不含税价款不得超过人民币十万元。在日常工作中，要注意区分。
开票时，发票的抬头要与企业名称的全称一致，2017年7月1日以后，增值税发票必须要有税号，不符合规定的发票，不得作为税收凭证。
