这两所学校都是当年的四大工学院之一，并且东南大学的前身南京工学院是四大工学院之首，2000年高校合并大潮之前，东南大学一直是全国前8的高校，2000年之后，东南大学在高校合并大潮中落后了，华科并了几所学校，排名急剧上升，东大并的都是些中专大专，一为扩大面积，二为重开医学学科。现在，论综合实力，华科还是比东大强很多，因为东大的学科短板比较多，比如医学、管理等。但是单纯地看工科，尤其是热门的工科专业，比如建筑土木电子通信生医自动化电气仪科交通这些专业，毫无疑问还是东大强，全部都是全国前列的水平，实力雄厚，就业情况也很好。
另外，现在教育部部长是华科出来的，华为几个副总师华科的，而东南大学是国民党时期国立中央大学的嫡传学校，这也是造成现阶段两校差距的原因之一。
总之，现在从名气和整体实力上，华科强。论热门工科专业，还是东南大学占明显优势。
