孵化器经营成败的第一步是孵化器准确的定位。孵化器要有好的定位，定位的是否恰当将直接关系到孵化器的发展。如，孵化器选择的孵化企业经营方向是哪个方面？为孵化企业提供什么样的服务？等等。如果定位准确，选择了一个有很好发展前途的科技领域，孵化企业的发展潜力就大，将有比较高的潜在价值。这样，孵化器自身的增值也将能较好实现。
在新经济时代，孵化器产业的竞争将是非常激烈，任何一个孵化器要想在这种竞争中胜出，除了满足孵化企业的一般要求外，还必须有自己的特色，形成自己的个性化服务。这是孵化器的定位原则，是孵化器在激烈的竞争中立于不败之地的保证。
（1）孵化器的定位与投资主体有关，投资主体不同，定位不同。投资主体是地方政府，就应该定位于追求社会效益。私人或者团体做投资主体的，则会定位于追求盈利性。
（2）孵化器的定位与自身条件和资源有关，任何经济实体都不可能脱离自身条件的约束，孵化器也是如此。对于财政上充裕、条件比较好的孵化器，应着眼于将来，着眼于长期收益，以发展为主，甚至可以寻求国际化发展。而财政上相对困难一些的孵化器，则应该兼顾长短期收益，近期内以生存为主要目标。
（3）孵化器的定位与孵化方向有关。一个以新材料作为孵化方向的孵化器和一个以建设网站为孵化方向的孵化器，二者的定位是有很大差异的。
（4）孵化器的定位还与孵化器的发展阶段有关。孵化器作为一个企业，它也同创业企业一样将经历企业成长不同阶段和时期，对于每个时期，孵化器要根据自己拥有的资源和其它条件来确定自己的经营方向及战略目标。因而，对同一个孵化器，不同发展阶段的孵化器定位也有所不同。
孵化器实行企业化运作 首先孵化器的性质是企业。一个企业孵化器的中心任务是帮助创业者开创和发展企业，它是一个培育创业企业的企业，孵化器的产品是健康发展的创业企业。孵化器本身的运作需要足够的创业精神，在孵化器成立之初，就要按照企业运作的要求招聘工作人员，孵化器的总经理必需具备开创和发展企业的能力；并能根据环境的变化不断调整自己的服务以满足创业企业的需求，使孵化器的服务从场所、设施设备的等硬件服务提供转向知识型的智力服务以支持在孵企业的价值创造，从而最终保证自身的良性运营。孵化器企业化运作的一个主要表现是孵化器的服务对象由内向外扩张。
权衡短期和长期收益，灵活运营提升效率降低成本 从眼前收益来说，孵化器通过为在孵企业提供工作空间收取租金，这是一方面的收益。但这个租金通常是低于市价的是低收益的。从短期收益来说，孵化器为在孵企业提供的是有偿服务。孵化器通过这些日常管理服务收取服务费，也常常是低于市价的。这两个方面的收益都是比较低的，有的甚至是没有收益的。从长期收益来说，孵化器通过对在孵企业参股或风险投资等方式获得收益。这种方式是孵化器获得收益的主要方式，而且收益是巨大的，但有高风险。云孵平台具有门禁管理、会议室管理、财务管理、活动管理、服务管理、云打印、面部识别系统等等，把琐碎的事务交给云孵平台管理，可以帮助运营方提高运营效率降低成本。大数据和人工智能技术可沉淀用户数据，分析用户行为，把握行业趋势和动态。
形成资源共享的网络平台 进行资源整合，形成资源共享的网络平台，能为在孵企业创造一个更良好的商业环境，同时能使孵化器的资源得到有效利用。孵化器是把企业集中起来孵化的组织，资源的整合相当重要。整合资源，可以使孵化器的资源得到更有效的利用；同时，也可以使在孵企业更好利用市场，提高自己的竞争能力。首先是对内部资源的整合。对内部资源的整合主要是孵化器内部的物业和服务的管理和整合，通过整合提高服务质量和效率。同时需要对外部资源的整合，包括市场信息、技术发展前景和最新动态和孵化器网络关系等等的整合。
严格筛选入孵企业 孵化器要做好对入孵企业的筛选工作，这是孵化器经营非常重要的第一步，直接关系到日后孵化器自身价值增值的实现。不同的孵化器应该根据自己的需要制定符合自己的筛选标准，而且不同的孵化器侧重点也会有所不同，孵化器应以发展的、前瞻性的眼光来筛选企业。
