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故事发生在2010年，卓凯神秘前往泰国曼谷，与潜伏在当地的香港CIB卧底进行打击泰国毒枭的行动。就在众人完成任务即将撤离泰国之时，一场爆炸令卓凯手下卧底全部葬身火海。 与此同时，卓凯好友兼CIB督察黎瑞权原因不明地被杀害，留下一个还未正式成为卧底的女警郑淑梅由卓凯接手指导。
卓凯知道瑞权手下还有其他身份被删除的卧底，要还原瑞权之死的真相，必须将卧底全部找出来，卓凯与淑梅开始寻找卧底的工作。另一方面，“长兴”坐馆魏德信打算重建帮会，对字头里的叔父辈赶尽杀绝，覃欢喜虽逃过一劫，爱妻却死在他怀抱中。事后欢喜潜入警署，删除自己的卧底档案，彻彻底底地沦为黑道中人并成立新字头“福和”，誓要与德信拼个你死我活。
卓凯和淑梅陆续确认了乐少锋和徐天堂的卧底身份。为了尽快寻回其他卧底，卓凯更亲自潜入长兴。欢喜与德信的斗争，将卓凯和众卧底卷入其中，为对付德信以及他操控的黑警势力，卓凯及众卧底不得不与欢喜联手。旺角警署PC警员陆SIR发现警队接连发生高层警官被杀事件。卓凯及淑梅同时发现，这一切可能是少锋所为，少锋身份就被德信发现，落得惨死收场……
