截至2015年3月，中山大学中山医学院共建有教育部重点实验室2个，广东省重点实验室1个，广东省工程技术研究开发中心喊咐岁3个，广东省高校重点实验室3个，广东省高校工程技术研究中心1个。
教育部重点实验室（2个）：热带病防治教育部重点实验室、干细胞与组织工程教育部重点实验室
广东省重点实验室（1个）：脑功能与脑疾病广东省重点实验室
广东省工程技术研究开发中心（3个）：广东省抗病原微生物药物与免疫技术工程技术研究中心、广东省干细胞与再生医学工程技术研究开发中心、广东省疾病模式动物工程技术研究中心
广东省高校重点实验室（3个）：海洋微生物功能分子重点实验室、热带病防治重点实验室、干细胞与组织工程重点实验室
广东省高校工程技术研究中心（1个）：干细胞与再生医学工程技术研究中心 据2015年12月学院官网信息显示，中山大学中山医学院在2006年以来，共获得各类科研经费2.5亿元；获国家973首席项目1项、课题5项，国家863课题8项，国家重大专项平台及课题8项；获国家自然科学基金项目118项，其中国家杰出青年基金项目1项、重点项目7项。
2008至2014年，中山大学中山医学院获省部级科技奖14项，获得授权专利数34项；2014年，获得科技经费总计4200.5万元，发表SCI论文数171篇。 《中山大学学报（医学科学版）》 《中山大学学报（医学科学版）》原名为《中山医科大学学报》，是国家教育部主管、中山大学主办的综合性医学学术期刊，1980年创刊，是《中文核心期刊要目总览》评定的医药卫生类核简铅心期刊，中国科技论文统计源（核心）期刊，已入选美国《化学文摘》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）、WHO西太平洋地区医学索引（WPRIM）、中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）、《中国科学引文数据库》（CSCD）核心库、《中国学术期刊综合评价数据库》（CAJED）等引文数据统计分析系统。 《器官移植》 《器官移植》是国家教育部主管、中山大学主办的医学类期刊，是中国科技核心期刊，美国《化学文摘》（CA）来源期刊，美国《剑桥科郑睁学文摘（生物科学）》、波兰《哥白尼索引》、美国《乌利希期刊指南》、中国核心期刊（遴选）数据库、中文科技期刊数据库收录期刊。
