虽然有些剧情我也没弄明白，但是从第一关说起大概如下： 在阿富汗前线基地，来了一位新兵，在接受玩前线训练后就马上投入到了美军对一个城镇的清剿战斗里，由于表现出色，被谢普德将军选中成为打入俄罗斯极端主义组织头目马卡洛夫身边的一面卧底，为了表现出自己并非卧底，所以跟马卡洛夫在莫斯科机场搞了一场大屠杀，但是在前来接应的车前卧底被马卡洛夫杀害。 原来，谢普德将军便是《使命召唤4》里指挥美国大军前往中东抓捕阿拉萨德的最高前线指挥官，在4代首都关中引爆的核弹致使谢普德将军下属的3万多士兵阵亡，这不仅让美国世界霸主的地位极大的被动摇，而且作为指挥官的谢普德更是一蹶不振，所以他发誓要通过极端手段挽回自己和美国的颜面，所以他便成立一个秘密组织和俄罗斯马卡洛夫极端组织进行秘密往来，并准备合伙搞一场大阴谋。第一步便是在阿富汗前线精心挑选一名得力士兵，打入马卡洛夫身边，然后又故意向马卡洛夫吐露了其卧底的真是身份，所以才在莫斯科机场屠杀准备撤离的时候故意杀害卧底，并将尸体留在机场，以此栽赃美国，果然，俄罗斯方便根据留在机场的尸体断定机场大屠杀是美国人故意对俄罗斯的挑衅，并集结大军向美国宣战。谢普德将军想借由美俄大战来提升自身价值，恢复美国全球霸主的地位。 当然，入侵美国并非易事，俄罗斯想尽办法击落一枚美国的军用通信卫星，并使其坠落在俄境内，俄罗斯将卫星隐藏在哈萨克斯坦天山下的军事基地以破解卫星解码器来瘫痪美国防御网。美国和英国共同组建的141特别行动小组奉命前往天山基地回收卫星解码器，这就是和索普一开始爬雪山的那关。但是141到达基地后发现，卫星密码已经被俄罗斯破解，俄罗斯入侵美国以在所难免。 141小组也秘密前往俄罗斯调查大屠杀真相，从现场留下的弹壳来看，141断定和大屠杀的武器系巴西一军火商提供，于是141火速前往里约热内卢抓捕军火贩。后其口供中供述大屠杀幕后黑手是马卡洛夫集团，但美俄大战已不可避免了。 在美国战场上，俄罗斯向美国发动大规模空降作战，首都华盛顿包括国会山和白宫等地区大部分沦陷，美国守军在本土苦苦支撑。 另一面，141小组有得到谢普德将军命令，在俄罗斯部队袭击一公海上的石油平台，并以此作为俄罗斯向美国进行电子侦查和干扰的平台，由于有人质做掩护，所以无法直接对平台发动空中打击，141小组奉命从水下潜入，笑面平台俄守军，接触危机。 然后141有接到谢普德命令，前往库页岛一军事监狱解救一个代号627的囚犯，141由4代主角索普带队迅速出发，在一通激战后，发现627号囚犯就是索普的上司，4代中的普莱斯上尉，谢普德是想借普莱斯过人的暗杀本领干掉马卡洛夫，以免自己和其丑陋合作败露，但普莱斯当即回绝，并中断和谢普德联系。 再得知美俄大战爆发后，普莱斯打算利用俄罗斯一核潜艇上的核弹，引发美国东部的EMP（电磁脉冲干扰），以中断美国和俄罗斯的混战。141立即动身突袭俄罗斯一军用港口，理由核潜艇发射核弹并在外太空引爆，这样冲击破和辐射到不了地球上，但EMP仍然作用在地球上，EMP引发美国东部的电子装置全部失效和打范围停电。 在华盛顿，本来占优势的俄军受EMP影响，装备全部失灵，美军乘机一举拖回白宫，美军战役结束。 141方面，谢普德再次下令141秘密前往位于俄罗斯的一处马卡洛夫别墅，从马卡洛夫电脑主机搜索其犯罪证据，但在141拿到装有犯罪证据的移动硬盘后，谢普德却将参与此次行动的141成员灭口（主角和幽灵在此关阵亡），原来谢普德是害怕这份证据资料里记载着自己和马卡洛夫的暗箱合作，又担心证据会落到普莱斯等人手里，所以才命141现行取得证据，然后在杀人灭口防后患。 而索普和普莱斯此时正在阿富汗飞机墓场跟踪谢普德和马卡洛夫行踪，后来偶遇美军和俄军混战，深陷其中，后在4代线人尼古莱的帮助下，乘C-130逃离。 最后一关，索普和普莱斯前往谢普德位于山洞内的秘密基地，暗杀谢普德，在一通惊心动魄的潜入，厮杀，热血沸腾的快艇追逐和肉搏后，谢普德将军倒毙于索普的飞刀门下，后又在尼古莱的帮助下回国，剧情结束。美俄战争结局，马卡洛夫下场都没说，现代战争3再见。 补充： 最后那张合影就是141特别行动小组的所有成员（普莱斯上尉也算是吧），除了索普和普莱斯基本上都在频繁的危险任务中阵亡了。
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