桔子树病害有真菌病害的脚腐病、流胶病、树脂病、疮痂病、炭疽病、黑星病、黄斑病、白粉病、煤烟病、立枯病等；细菌性病害的溃疡病；线虫病害的根线虫病和根结线虫病；生理性病害的油斑病、裂果病、日灼病；病毒、类病毒和病因不明的病害黄龙病、裂皮病、衰退病等。危害柑橘的害虫有昆虫、螨类和其他有害动物等，已知的有350多种，主要有螨类、蚧类、粉虱、蚜虫、天牛、吉丁虫、潜叶蛾、卷叶蛾、吸果夜蛾、实蝇和瘿蚊等。
针对由菌类感染的病害一般用多菌灵等灭菌防病药喷洒即可；对于虫害要喷洒相应的灭虫药防治，如红蜘蛛和锈蜘蛛可用50％的螨代治乳油喷洒即死亡；千叶蛾可用5％的吡虫啉乳油2000-3000倍液喷洒就可防治；介壳虫可用40.7％乐斯本1000倍液喷洒防治；蚜虫害用50％抗蚜威1500倍液喷洒等。
瓜类单囊壳属和白粉菌属真菌侵染引起。病菌以闭囊壳在被害植株病残体上或混入土壤中越冬，也可在温室活体上越冬，次年春季释放子囊孢子引起初侵染。发病后形成分生孢子进行再侵染。病菌分生孢子在温度10～30℃内都能萌发，以20～25℃最适，16～24℃时发病严重。叶片上有水滴存在，分生孢子多吸水破裂，不利发病。在植株徒长、枝叶过密、通风不良、光照不足时发病严重。
