注：带★表示动画特别篇；带 * 表示虽然有黑衣组织的成员登场，但是与黑衣组织本身无太大关联。集数标注一律使用日语版官方集数，与国语版等其他版本集数差异的说明详见“名侦探柯南”词条。
TV 版
1 云霄飞车杀人事件
54 电玩公司杀人事件
118 浪花连续杀人事件★ *
128 黑衣组织十亿元抢劫事件（部分情节为动画原创）
129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件★
176 与黑衣组织的再会（灰原篇）
177 与黑衣组织的再会（柯南篇）
178 与黑衣组织的再会（解决篇）
230 神秘的乘客（前篇）
231 神秘的乘客（后篇）
271 急忙掩饰的忽略（前篇）
272 急忙掩饰的忽略（后篇）
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）
289 光彦森林迷失记（前篇）*
290 光彦森林迷失记（后篇）*
307 遗留的无声证言（前篇）
308 遗留的无声证言（后篇）
309 与黑衣组织的接触（交涉篇）
310 与黑衣组织的接触（追迹篇）
311 与黑衣组织的接触（决死篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）
345 与黑衣组织的直面对决 满月之夜的双重谜案★
425 黑暗冲击！黑衣组织的魔爪伸来的瞬间★
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
563 侦探团VS强盗团（骚动）
564 侦探团VS强盗团（沉默）
578 召唤危机的红色前兆
579 黑与13的暗示
580 逼近的黑色时刻
581 红色的摇摆目标
667 婚礼前夜（前篇）*
668 婚礼前夜（后篇）*
671 侦探们的夜想曲（案件）*
672 侦探们的夜想曲（绑架）*
673 侦探们的夜想曲（推理）*
674 侦探们的夜想曲（波本）
681 以性命为赌注的恋爱转播（转播开始）*
683 以性命为赌注的恋爱转播（现场突入）*
699 逼近灰原秘密的黑影（前篇）*
700 逼近灰原秘密的黑影（后篇）
701 漆黑的特快列车（发车）
702 漆黑的特快列车（隧道）
703 漆黑的特快列车（交叉）
704 漆黑的特快列车（终点）
705 密室中的柯南 *
706 解谜的波本
722 香甜冰凉的快递（前篇） *
723 香甜冰凉的快递（后篇） *
734 茱蒂的追忆与赏花的陷阱★
739 小五郎在酒吧里（后篇）
740 小兰也倒在浴室里了（前篇）
770 气氛僵硬的茶会（前篇）
771 气氛僵硬的茶会（后篇）
779 绯色的序章
780 绯色的追寻
781 绯色的交错
782 绯色的回归
783 绯色的真相
