可以删除。
企业作为代扣代缴义务人其义务范围是其支付所得的员工，因此已经离职的员工可以从个人所得税系统中进行删除，其已经不在申报范围内。个人所得税全员全额申报就是对在职全体员工的申报。离职不包含在内。
扩展资料：
个体工商户的生产、经营所得包括四个方面：
（一）经工商行政管理部门批准开业并领取营业执照的城乡个体工商户，从事工业、手工业、建筑业、交通运输业、商业、饮食业、服务业、修理业及其他行业的生产、经营取得的所得。
（二）个人经政府有关部门批准，取得营业执照，从事办学、医疗、咨询以及其他有偿服务活动取得的所得。
（三）其他个人从事个体工商业生产、经营取得的所得，既个人临时从事生产、经营活动取得的所得。
（四）上述个体工商户和个人取得的生产、经营有关的各项应税所得。
对企事业单位的承包经营、承租经营所得，是指个人承包经营、承租经营以及转包、转租取得的所得，包括个人按月或者按次取得的工资、薪金性质的所得。
参考资料来源：百度百科-个人所得税
