一、两者之间根本区别就在于转基因大豆里面含有非自身物种携带的DNA。这种基因改变目前体现出来的优势是：转基因产品产量高50%~100%，抗病虫害（虫子吃了会因蛋白质不消化及可能引起的异常凝结而死亡），蛋白质和脂肪含量总和远远高于非转基因物种。劣势是：转基因大豆对土壤的耗用远远大于非转基因大豆，需要轮休耕种。
二、国际上主流科学研究认为目前尚未发现转基因植物食品对人体有害，但由于这类食物应用时间还比较短，长期效果如何，长期食用是否对人体有害，还不能完全肯定，存在一定的争议。
三、转基因产品可能存在的危害：
1、毒性问题。一些研究学者认为，对于基因的人工提炼和添加，可能在达到某些人们想达到的效果的同时，也增加和积聚了食物中原有的微量毒素。
2、过敏反应问题。对于一种食物过敏的人有时还会对一种以前他们不过敏的食物产生过敏。
3、营养问题。科学家们认为外来基因会以一种人们目前还不甚了解的方式破坏食物中的营养成分。
4、对抗生素的抵抗作用。当科学家把一个外来基因加入到植物或细菌中去，这个基因会与别的基因连接在一起。人们在服用了这种改良食物后，食物会在人体内将抗药性基因传给致病的细菌，使人体产生抗药性。
5、对环境的威胁。在许多基因改良品种中包含有从杆菌中提取出来的细菌基因，这种基因会产生一种对昆虫和害虫有毒的蛋白质，生态学家们认为那些不在改良范围之内的其它物种有可能成为改良物种的受害者，生物学家们则担心为了培养一些更具优良特性，其特性很可能会通过花粉等媒介传播给野生物种。
最后，不得不说明的是：转基因食品是否对人体有害，目前学术界尚无定论，到目前为止也暂没曾出现过因食用转基因食品而导致的不适证。
