1、从法律意义而言，它们最主要的一个区别在于是否具有行政主体的地位。国务院直属机构有着独立的行政主体资格。国务院直属事业单位不是国家行政机关,但中华人民共和国国务院授权其中一些单位行使一定的行政职能。
2、职能上的区别，直属机构是政府直接领导下主办专门业务的机构，地位仅低于政府内的各部、委。直属机构具有独立职权和专门职责，可以在主管事项的范围内，对外发布命令和指示。
事业单位，是指由政府利用国有资产设立的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织。事业单位接受政府领导，是表现形式为组织或机构的法人实体。
3、行政单位使用行政编制、由国家行政经费负担。事业单位使用事业编制，由国家事业经费负担。
扩展资料:
2018年3月22日 《国务院关于机构设置的通知》规定。
国务院直属事业单位：
新华通讯社、中国社会科学院、国务院发展研究中心中国气象局、中国证券监督管理委员会、中国科学院、中国工程院、中央广播电视总台、中国银行保险监督管理委员会、国家行政学院与中央党校是一个机构两块牌子，作为党中央直属事业单位。
国务院直属机构：
中华人民共和国海关总署、国家市场监督管理总局、国家体育总局、国家国际发展合作署、国务院参事室、国家税务总局、国家广播电视总局、国家统计局、国家医疗保障局、国家机关事务管理局。
国家市场监督管理总局对外保留国家认证认可监督管理委员会、国家标准化管理委员会牌子。国家新闻出版署（国家版权局）在中央宣传部加挂牌子，由中央宣传部承担相关职责。国家宗教事务局在中央统战部加挂牌子，由中央统战部承担相关职责。
参考资料来源一：百度百科--国务院
