乡镇卫生院的上级主管部门是区级卫生局，医疗机构的类别划分如下：
国家卫生计生委关于修改《医疗机构管理条例实施细则》的决定
一、将第三条修改为：
医疗机构的类别：
（一） 综合医院、中医医院、中西医结合医院、民族医医院、专科医院、康复医院；
（二） 妇幼保健院、妇幼保健计划生育服务中心；
（三）社区卫生服务中心（站）；
（四） 中心卫生院、乡（镇）卫生院、街道卫生院；
（五） 疗养院；
（六） 综合门诊部、专科门诊部、中医门诊部、中西医结合门诊部、民族医门诊部；
（七） 诊所、中医诊所、民族医诊所、卫生所、医务室、卫生保健所、卫生站；
（八） 村卫生室（所）；
（九） 急救中心、急救站；
（十） 临床检验中心、医学检验中心、病理诊断中心、医学影像诊断中心、血液透析中心、安宁疗护中心；
（十一） 专科疾病防治院、专科疾病防治所、专科疾病防治站；
（十二） 护理院、护理站；
（十三） 其他诊疗机构。
扩展资料：
每个科室都有对乡镇卫生院的业务职能，不能一概的说是由那个部门主抓。
1、县级以上卫生行政机关负责查处所辖区域内的违反卫生法律、法规、规章的案件。
2、省级卫生行政机关（省疾病预防控制中心）可依据卫生法律、法规、规章和本地区的实际，规定所辖区内管辖的具体分工。
3、卫生部负责查处重大、复杂的案件。
4、上级卫生行政机关可将自己管辖的案件移交下级卫生行政机关处理；也可根据下级卫生行政机关请求处理下级卫生行政机关管辖的案件。
5、两个以上卫生行政机关，在管辖发生争议时，报请其共同的上级卫生行政机关指定管辖。
6、卫生行政机关发现查处的案件不属于自己管辖，应当及时书面移送给有管辖权的卫生行政机关。受移送卫生行政机关应当将案件查处结果函告移送的卫生行政机关。受移送地的卫生行政机关如果认为移送不当。应当报请共同的上级卫生行政机关指定管辖，不得再自行移送。
7、上级卫生行政机关在接到有关解决管辖争议或者报请移送管辖的请示后，应当在十日内作出具体管辖决定。
参考资料来源：百度百科-卫生行政部门
