1、盈利目的不同。
企业单位：是指以盈利为目的生产性单位，国企就是属国家所有的企业单位。国有企业，是指国家对其资本拥有所有权或者控制权，政府的意志和利益决定了国有企业的行为。国有企业是国民经济发展的中坚力量，是中国特色社会主义的支柱。
事业单位：是指不以盈利为目的，由国家行政机关举办，受国家行政机关领导，没有生产收入、所需经费由公共财政支出、不实行经济核算、主要提供教育、科技、文化、卫生等活动非物质生产和劳务服务的社会公共组织，事业单位接受政府领导，是表现形式为组织或机构的法人实体。
2、绩效工资来源不同：
企业绩效工资完全取决于企业盈利情况，根据企业的薪酬战略及绩效考核结果进行发放。
事业单位根据单位不同类别，其绩效工资的经费来源和保障有所不同，义务教育中小学绩效工资经费来源主要由县级财政保障，省级财政统筹，中央财政对中西部及东部部分财力薄弱地区给予适当补助。
扩展资料：
事业单位的类型：
1、教育事业单位
高等教育事业单位 中等教育事业单位 基础教育事业单位
成人教育事业单位特殊教育事业单位 其他教育事业单位
2、科技事业单位
自然科学研究事业单位 社会科学研究事业单位
综合科学研究事业单位 其他科技事业单位
3、文化事业单位
演出事业单位 艺术创作事业单位 图书文献事业单位
文物事业单位 群众文化事业单位 广播电视事业单位
报刊杂志事业单位 编辑事业单位 新闻出版事业单位
其他文化事业单位
4、卫生事业单位
医疗事业单位卫生防疫检疫事业单位 血液事业单位
计划生育事业单位 卫生检验事业单位 其他卫生事业单位
5、社会福利事业单位
托养福利事业单位 康复事业单位 殡葬事业单位
其他社会福利事业单位
6、体育事业单位
体育竞技事业单位体育设施事业单位 其他体育事业单位
7、交通事业单位
公路维护监理事业单位公路运输管理事业单位 交通规费征收事业单位
航务事业单位 其他交通事业单位
8、城市公用事业单位
园林绿化事业单位 城市环卫事业单位 市政维护管理事业单位
房地产服务事业单位市政设施维护管理事业单位 其他城市公用事业单位
9、农林牧渔水事业单位
技术推广事业单位 良种培育事业单位 综合服务事业单位
动植物防疫检疫事业单位 水文事业单位 其他农林牧渔水事业单位
10、信息咨询事业单位
信息中心 咨询服务中心（站） 计算机应用中心 价格信息事务所
农村社会经济调查队 企业经济调查队 城市社会经济调查队
11、中介服务事业单位
技术咨询事业单位 职业介绍（人才交流）事业单位
法律服务事业单位 经济监督服务事业单位 其他中介服务事业单位
12、勘察设计事业单位
勘察事业单位 设计事业单位 勘探事业单位 其他勘察设计事业单位
13、地震测防事业单位
地震测防管理事业单位 地震预报事业单位 其他地震测防事业单位
14、海洋事业单位
海洋管理事业单位 海洋保护事业单位 其他海洋事业单位
15、环境保护事业单位
环境标准事业单位 环境监测事业单位 其他环境保护事业单位
16、检验检测事业单位
标准计量事业单位 技术监督事业单位 质量检测事业单位
出入境检验检疫事业单位 其他检验检测事业单位
17、知识产权事业单位
专利事业单位 商标事业单位 版权事业单位
其他知识产权事业单位
18、机关后勤服务事业单位
19、其它类
如环保事业单位，某某工程项目指挥部等等
参考资料来源：百度百科-事业单位
