摩托车闯红灯是违反交通规则的行为，根据《道路交通安全法》规定，闯红灯属于违反交通信号灯指示的行为，属于严重违法行为。因此，摩托车闯红灯是会被扣分的。
具体来说，如果违法人员被交通管理部门抓到，根据《道路交通安全法》第六十四条的规定，罚款200元，并根据每次违章的情况进行相应的记分，一般情况下摩托车闯红灯会扣2-3分不等。积累一定的扣分，就会影响驾驶人的驾照考试及保险费用等方面。此外，可能还需要承担行人和其他车辆因摩托车闯红灯而造成的交通事故责任。
综上所述，摩托车闯红灯是严重违法行为，会被交通管理部门扣分并处以罚款。同时，也会对违约者造成其他不良后果，应当引起足够的重视。
