1. 面积：杭州南站的站房面积为494,000平方米，而杭州东站的站房面积为267,000平方米，因此杭州南站比杭州东站大。
2. 营业时间：杭州南站和杭州东站都是24小时营业的，但是杭州南站的营业时间相对更稳定，因为杭州东站在某些特殊情况下可能会关闭部分线路或限制运行时间。
3. 列车运行量：杭州南站作为杭州市的主要交通枢纽，每日列车运行量相对更多，客流量也更大。而杭州东站则相对较小，非高峰期时客流量不如杭州南站。
4. 设施：杭州南站的设施更加完善，包括商业广场、快递代收同时还有各类餐饮和购物设施。杭州东站也有相应的商铺、餐厅等生活设施，但是相较于南站略显单薄。
5. 地理位置：杭州南站离市中心近，交通便利，到达其他城市也比较方便，而杭州东站位于市区外围，周边交通环境不如南站便捷，但是东站邻近杭州萧山国际机场，有利于机场与城市间的交通联结。
