孤岛惊魂5共有两个结局，玩家可以根据自己的选择来决定结局走向。
【结局一】拯救朝圣者教团
1.完成任务：在朝圣者教团任务线中，选择“选择救援”一侧的选项，完成所有与朝圣者教团相关的任务；
2.面临最后选择：在最后的任务中，面对继续支持朝圣者教团或是直接抵抗他们的选择。选择继续支持朝圣者教团后，进入结局一。
【结局二】摧毁朝圣者教团
1.完成任务：在朝圣者教团任务线中，选择“外来者”一侧的选项，完成所有跟爱德温和丹妮等主要反派人物有关的任务，而且必须通过接触到Joseph Seed才能开始下一个故事任务。
2.面临最后选择：在最后的任务中，选择对抗Joseph Seed和朝圣者教团。拒绝你，过着你的生活即可。选择这个选项后进入结局二。
结局选项的影响：
选择结局一：将部分地区的敌人变为友好，游戏中会看到斯莱德魔窟（Sledghammer Hole）和各种吸血蝙蝠，并且在游戏后期可以自由地攻击“Eden’s Gate”信徒。不过无法释放未管理的众多高峰之间。
选择结局二：将解锁独立月，这是一个孤岛惊魂系列中迄今为止最大的DLC－它高度复杂和非常有趣的故事足以让玩家大呼过瘾，但是，南方国土区域完全封锁，无法进入，错失了一些好看景象。
