南京地铁三号线是一条贯穿南北方向的地铁线路，全长约38.56公里，共设站30座。从南到北，可以将其分为以下两个方向：
1. 南方向：起点为南京南站，终点为枫泾北站。该方向一路向北，途经南京南站、翠屏山、奥体中心、元通、中胜、双龙大道、河定桥北、龙眠大道、南湖东路、绿博园、机场、高淳西、人民路、白马路、岔路口、雨花新村、软件大道、集庄、刘家村、汉中门、上海路、新街口、大行宫、西安门、明发广场、孝陵卫、圆融寺、枫泾北等30个站点。
2. 北方向：起点为枫泾北站，终点为南京南站。该方向一路向南，途经枫泾北、圆融寺、孝陵卫、明发广场、西安门、大行宫、新街口、上海路、汉中门、刘家村、集庄、软件大道、雨花新村、岔路口、白马路、人民路、高淳西、机场、绿博园、南湖东路、龙眠大道、河定桥北、双龙大道、中胜、元通、奥体中心、翠屏山等30个站点。
除了上述方向外，南京地铁三号线还设有多个换乘站，包括南京站、新街口站、白马路站、岔路口站、中胜站、奥体中心站、集庄站等，可方便乘客前往其他地铁线路或公交线路。
