是的，分居两年后可以申请离婚。
1. 法律规定：根据我国《婚姻法》第33条规定，“夫妻一方无故意或其他过错，与对方分居满二年，另一方可以向人民法院提出离婚诉讼”。
2. 夫妻共同协议：在夫妻分居期间，双方有可能会协商达成和解协议，并选择离婚。此时，双方可以自行协调、协商办理离婚手续。
3. 离婚方式：离婚方式分为协议离婚和诉讼离婚。如果双方协商愉快并达成一致协议，则可以选择协议离婚；如果双方无法协商一致，则需要提起诉讼，由人民法院进行调解或判决。
4. 需要注意的问题：在提出离婚申请之前，需要确认是否存在子女抚养、房产分割、财产分割等相关问题，避免出现争执和不必要的纠纷。
总之，分居两年后，夫妻可以根据自身情况选择离婚的方式，但是需要注意诸多问题，以保证离婚过程的顺利进行。
