1. 职能不同：中书省是唐宋以前的中央行政机构，设立了史馆、翰林院、国史院等部门，主要负责起草和管理文书档案、编纂历史、拟定国家政策等工作；而行中书省则是明清时期的地方政府机构，主要处理一个省或多个州县的行政事务，如颁发命令、管理民生、管理司法、财经等。
2. 管辖范围不同：中书省是中央机构，对全国范围内的行政事务有权力干预，并管理着皇帝的秘书、御史台、侍从等；而行中书省则是地方政府机构，只对一个省或多个州县的行政事务进行管理。
3. 设立背景不同：中书省设立于唐代，与宰相一同管理国家大事并规范政令，是中央机构的重要组成部分；行中书省则是明清时期因为增加投资、对外战争等原因而设立的地方政府机构。
4. 政治地位不同：中书省是中央核心机构之一，拥有极高的政治地位和影响力；而行中书省的政治地位比较低下，地方官员对其权威性的认可因人而异。
5. 调解职能不同：中书省具有调解争端的职能，在依法办事的基础上，注重伸张公道、理顺矛盾；而行中书省则是具有一定司法职能的机构，有权审判案件、处置犯罪和民间纠纷等。
