一个订单分开退货运费险在保险理赔时会进行多次赔付，具体情况如下：
1. 多次退货：如果一个订单因为不同的原因需要多次退货，每次退货都可以申请运费险理赔。这种情况下，每次退货所产生的运费可以被保险公司赔付。
2. 分批退货：有些订单可能需要分批退货，这种情况下每一批次的运费可以被保险公司赔付。
3. 不同的运输方式：在有些情况下，同一个订单中的不同商品可能会选择不同的运输方式，比如一部分商品选择物流配送，另一部分商品选择快递配送。如果不同的商品需要退货，保险公司会根据实际情况分别进行赔付。
4. 多个退货地址：有些订单可能需要选择不同的退货地址，这种情况下每个退货地址的运费可以被保险公司赔付。
总体来说，一个订单分开退货运费险理赔可以进行多次赔付，保险公司会根据实际情况进行相应的赔偿。但在申请理赔时需要提供相关证明材料，并遵守保险公司的理赔规定。
